پيش‌بيني بيوانفورماتيكي miRNA‌هاي هدف گيرنده ژن‌هاي BAFF و APRIL در بيماران مبتلا به لوسمي لنفوسيتي مزمن

Bioinformatic Prediction of miRNAs Targeting APRIL and BAFF Genes in Chronic Lymphocytic Leukemia

زمينه و هدف لوسمي لنفوسيتي مزمن شايع‌ترين لوسمي در بزرگسالان است كه حدود 25 تا 30 درصد از كل لوسمي‌ها را شامل مي‌شود. از علل مهم اتيولوژيك اين لوسمي مي‌توان به اختلال در مسير پيام‌رساني NF-kB اشاره كرد. دو پروتئين APRIL و BAFF با تأثير در مسير پيام‌رساني NF-kB در بيماري‌زايي اين لوسمي ايفاي نقش مي‌كنند. بنابراين در مطالعه پيش رو با توجه به اثر تنظيمي miRNA‌ها در بسياري از فرايندهاي سلولي، به پيش‌گويي miRNA‌هاي شاخص هدف گيرنده ترانسكريپت‌هاي مربوط به APRIL و BAFF با استفاده از نرم‌افزار‌هاي بيوانفورماتيكي مختلف و اختصاصي پرداخته شد. مواد و روش ها بعد از دريافت توالي پروتئين‌هاي APRIL و BAFF از سايت NCBI، با كمك پايگاه‌هاي بيوانفورماتيكي miRanda، TargetScan، miRWalk، DIANA و miRDB با الگوريتم‌هاي متفاوت به بررسي و پيش‌گويي miRNA‌هاي هدف گيرنده ژن‌هاي مذكور پرداخته شد. ملاحظات اخلاقي اين مطالعه در كميته اخلاق دانشگاه علوم پزشكي اراك تصويب شده است. يافته ها درنهايت بر اساس امتيازدهي توسط نرم‌افزارهاي بيوانفورماتيك مذكور و بالاتربودن امتياز و هدف‌گيري مناسب‌تر، has-miR-145-5p و has-miR-185-5p به عنوان miRNA‌هاي هدف گيرنده ژن APRIL و همچنين has-miR-424 و has-miR-497 به عنوان miRNA‌هاي هدف گيرنده ژن BAFF معرفي و براي فاز مطالعات عملي آينده انتخاب شدند. نتيجه گيري با توجه به نقش مهم ژن‌هاي APRIL و BAFF در روند طبيعي مرگ سلولي و تكامل سلول‌هاي B به نظر مي‌رسد مي‌توان از اين mi-RNA‌هاي پيش‌گويي‌شده با كمك پايگاه‌هاي بيوانفورماتيك با الگوريتم متفاوت به عنوان بيوماركرهاي مولكولي تشخيصي در جهت شناسايي بيماران مبتلا به لوسمي لنفوسيتي مزمن سود جست.

Background and Aim Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is the most commonly occurring leukemia in adults, accounting for about 30-25% of total leukemia. One of the important etiological causes of this leukemia is the disruption of the Nuclear Factor Kappa B (NF-kB) signaling pathway. The two proteins of Apoptosis-Inducing Ligand (APRIL) and B-Cell Activating Factor (BAFF) play a role in the pathogenesis of this leukemia by affecting the NF-kB signaling pathway. In this study, due to the effect of miRNAs in regulating many cellular processes, the prediction of the prominent miRNAs targeting APRIL and BAFF transcripts in B-cell CLL patients was evaluated using specific and different bioinformatics programs. Methods & Materials Afterwards retrieving the sequences of APRIL and BAFF proteins from the NCBI website, by using several programs including miRanda, TargetScan, miRWalk, DIANA and miRDB with different algorithms, the prediction of miRNAs targeting these genes was investigated. Ethical Considerations This study was approved by the Research Ethics Committee of Arak University of Medical Sciences. Results Based on the scoring system of bioinformatics programs, “hsa-miR-145-5p” and “hsa-miR-185-5p” were identified as miRNAs targeting APRIL gene, while “hsa-miR-424” and “hsa-miR-497”were miRNAs targeting BAFF gene. They were suggested for the practical studies in future. Conclusion Based on the important role of APRIL and BAFF genes in the normal process of cell death and B-cell evolution, it seems that the mi-RNAs predicted by bioinformatics programs using different algorithms can be used as a diagnostic molecular biomarker to identify B-cell CLL patients.