عنوان مقاله :
شبيه سازي ديناميك مولكولي پروتئين هموليزين Bacillus pumilus و داكينگ آن با كلسترول و پيشگويي تغييرات كنفورماسيوني اين پروتئين در طراحي دارو با كمك بيوانفورماتيك
پديد آورندگان :
ساساني ، نيلوفر دانشگاه اصفهان - دانشكده علوم و فناوريهاي نوين - گروه زيست فناوري , محبت كار ، حسن دانشگاه اصفهان - دانشكده علوم و فناوريهاي نوين - گروه زيست فناوري , امتيازي ، گيتي دانشگاه اصفهان - دانشكده علوم - گروه زيست شناسي
كليدواژه :
شبيه سازي ديناميك مولكولي , باسيلوس پاميلوس , هموليزين , اتوداك , موتاسيون
چكيده فارسي :
هموليزين يك پروتئين خارج سلولي است كه توسط بسياري از باكتري‌هاي بيماري‌زا و غير بيماري‌زا ترشح مي‌شود. سطح فعاليت آنها غشاي‌پلاسمايي گلبول‌هاي قرمز خون مي‌باشد. هموليزين جزء سموم وابسته به كلسترول مي‌باشد يعني كلسترول را به عنوان گيرنده بر روي سطح سلول‌هاي خوني شناسايي كرده و از طريق آن به سلول هدف متصل مي‌شود. در اين تحقيق ما بر روي هموليزين گونه‌ايي از باسيلوس به نام باسيلوس پاميلوس SAFR0032 كار كرده‌ايم. اهدافي كه در اين تحقيق دنبال شده شامل شبيه‌سازي ديناميك مولكولي هموليزين در داخل غشاي زيستي كه براي شبيه‌سازي اين پروتئين در غشاء از نرم‌افزار گرومكس استفاده شد. هدف از اين شبيه‌سازي بررسي پايداري اين پروتئين در داخل غشا‌هاي زيستي مي‌باشد. همچنين ما با تعيين جايگاه اتصال اين سم با غشاء و شناسايي اسيد‌هاي آمينه درگير در اين اتصال با استفاده از نرم‌افزار اتوداك توانستيم عوامل دخيل درميان كنش اين سم با غشاء را نيز شناسايي و بررسي كنيم سپس با ايجاد موتاسيون در اسيد آمينه‌هاي اصلي درگير در اين اتصال با استفاده از وبگاه PoPMuSiC2.1 رفتار اين پروتئين جهش يافته با كلسترول غشاء بررسي گرديده است. نتايج حاصل از اين تحقيق تاكيد مي‌كند كه موتاسيون‌زايي باعث كاهش تمايل پروتئين هموليزين به كلسترول مي‌شود و اتصال ميان آنها به شدت سست و ناپايدار مي‌گردد. پس مي‌توان در شناسايي و طراحي دارو‌هاي جديد به ساختار سه بعدي هموليزين‌ها توجه كرد و به عنوان يك ايده نوين در زمينه‌هاي داروسازي و بهبود دارو‌هاي موجود در درمان بيماري‌هايي كه به علت هموليزين ترشحي توسط باكتري‌ها ايجاد مي‌شود مورد استفاده قرار گيرد.
عنوان نشريه :
زيست شناسي كاربردي
