بررسي ميانكنش پپتيد ضد ميكروبي سيكلوويولاسين o2 با غشا باكتري با روش شبيه سازي ديناميك مولكولي

سيكلوتيدها پپتيدهاي كوچك غني از باندهاي دي سولفيد هستند كه از گياهان جدا شده اند و داراي طيف وسيعي از فعاليت هاي زيستي شامل فعاليت ضد ميكروبي، ضد تومور، حشره كشي وAnti-HIV مي باشند. با توجه به افزايش باكتري هاي مقاوم به دارو، جامعه ي جهاني در حال رويارويي با يك چالش جدي است و نيازي ضروري به تركيبات جديد براي درمان بيماري ها احساس مي شود. سيكلوتيد ها به عنوان پپتيدهاي كوچك، پتانسيل بالايي براي تبديل شدن به تركيبات دارويي نسل آينده را دارند. در اين پژوهش، با هدف بررسي اثر ضد ميكروبي سيكلوتيد جدا شده از بنفشه ي ايراني به نام سيكلوويولاسين o2 ،اين پپتيد را به غشا مدل باكتري نزديك كرديم و به مدت 200 نانو ثانيه شبيه سازي ديناميك مولكولي انجام شد. آناليز ها نشان داد كه سيكلوويولاسين o2 دركمتر از 20 نانو ثانيه جذب غشا شده و به نظر مي رسد ايجاد پيوند هيدروژني در جذب پپتيد به غشا نقش موثري دارد. در طول زمان شبيه سازي پپتيد بر سطح غشا مدل باقي مانده و به درون آن نفود نمي كند اين در حاليست كه حضور پپتيد در سطح غشا باعث افزايش بي نظمي در زنجيره هاي هيدروكربني مي گردد.