عنوان مقاله :
بررسي خوشه هاي پروتئيني در بيماري آتروفي عضلاني با استفاده از آناليز شبكه تعامل
عنوان به زبان ديگر :
Evaluation of Protein Complexes in Muscular Atrophy Using Interaction Map Analysis
پديد آورندگان :
رضايي طاويراني، مصطفي داﻧﺸﮕﺎه ﻋﻠﻮم ﭘﺰﺷﮑﯽ ﺷﻬﯿﺪ ﺑﻬﺸﺘﯽ - داﻧﺸﮑﺪه ﭘﯿﺮاﭘﺰﺷﮑﯽ - ﻣﺮﮐﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﭘﺮوﺗﺌﻮﻣﯿﮑﺲ، ﺗﻬﺮان , اخوتيان، فرشاد داﻧﺸﮕﺎه ﻋﻠﻮم ﭘﺰﺷﮑﯽ ﺷﻬﯿﺪ ﺑﻬﺸﺘﯽ - داﻧﺸﮑﺪه ﺗﻮاﻧﺒﺨﺸﯽ - ﻣﺮﮐﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﻓﯿﺰﯾﻮﺗﻮاﭘﯽ، ﺗﻬﺮان , زمانيان عضدي، مونا داﻧﺸﮕﺎه ﻋﻠﻮم ﭘﺰﺷﮑﯽ ﺷﻬﯿﺪ ﺑﻬﺸﺘﯽ - داﻧﺸﮑﺪه ﺗﻮاﻧﺒﺨﺸﯽ - ﻣﺮﮐﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﭘﺮوﺗﺌﻮﻣﯿﮑﺲ، ﺗﻬﺮان
كليدواژه :
آتروفي , بيوماكرها , شبكه برهم كنش پروتئيني , خوشه هاي پروتئيني
چكيده فارسي :
سابقه و هدف: يكي از بيماري‌هاي شايع ناشي از ابتلا به بسياري از بيماري‌ها و كهولت سن، آتروفي عضلاني است. بررسي اتفاقات مولكولي موثر در ايجاد بيماري مي‌تواند اطلاعات مفيدي در خصوص ارتقا روش‌هاي درماني و حمايتي از بيماران فراهم نمايد. اين مطالعه با هدف بررسي تغييرات مولكولي در سطح ارتباطات پروتئيني با ترسيم و آناليز شبكه تعامل پروتئيني بيماري اتروفي عضلاني، انجام پذيرفت.
مواد و روش‌ها: در اين مطالعه تجربي، با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape و منبع STRINGشبكه برهم كنش پروتئين‌ها رسم و به كمك الگوريتم‌هاي وابسته به Cytoscape آناليز شاخص‌هاي مركزيت و خوشه‌هاي پروتئيني به كمك Network analyzer و MCODE انجام گرديد. هستي‌شناسي كمپلكس‌هاي شبكه به كمك نرم‌افزار Bingo بررسي شد.
يافته‌ها: تعداد 5 پروتئين مركزي شامل AKT1، ALB، DMD، SMN1و SMN2 در شبكه شناسايي، و 6 خوشه پروتئيني كه 2 خوشه اول آن‌ها براي آناليز هستي‌شناسي در نظر گرفته شد معرفي گرديد.
استنتاج: كليه پروتئين هاي مهم در اين خوشه‌ها به صورت پراكنده وجود داشتند. به نظر مي‌رسد كه پانل بيوماركري معرفي شده شامل AKT1، ALB، DMD، SMN1و SMN2 مي‌تواند در درك بهتر بيماري موثر باشد.
چكيده لاتين :
Background and purpose: Muscular atrophy is a condition derived from different diseases and aging. Molecular study of the disease condition can help in developing diagnostic methods and treatment approaches. In this study, protein interaction network was analyzed to understand molecular events at protein levels.
Materials and methods: In this experimental study, the network was constructed and analyzed using Cytoscape and its plug-in STRING. In addition, Network Analyzer and MCODE were applied to analyze the centrality and clustering, respectively. Bingo explored the gene ontology of the determined protein complexes.
Results: The findings showed five key genes in the network of atrophy including AKT1, ALB, DMD, SMN1, and SMN2. Furthermore, six clusters of proteins were obtained from which two significant ones were considered for gene ontology analysis.
Conclusion: All the central proteins, AKT1, ALB, DMD, SMN1, and SMN2 are present in the clusters of our interests. It can be concluded that the panel of biomarkers introduced could be of great help in understanding the pathology of muscular atrophy.
عنوان نشريه :
مجله دانشگاه علوم پزشكي مازندران
