بيان افتراقي ژن گاوهاي بوس تاروس (هلشتاين) و بوس اينديكوس (كليستاني) با استفاده از داده هاي RNA-Seq

اين پژوهش با هدف تعيين مقايسه افتراقي پروفايل بيان ژن در دو زيرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاين) و بوس اينديكوس (كليستاني) انجام شد. براي اين منظور، ترانسكريپتوم نمونه اي از هريك از جمعيت هاي گاو ماده هلشتاين آمريكا و گاو ماده كليستاني پاكستان از طريق همرديفي و مكان يابي خوانش هاي كوتاه mRNA تشكيل شد. اين خوانش ها قبلاً با استفاده از فناوري توالي يابي نسل جديد به‌صورت داده هاي RNASeq توليد شده بودند. نتايج آناليز بيان افتراقي نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناخته‌شده بر روي ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بين اين دو زيرگونه  بيان  متفاوت داشتند (0.000015 p). بالاترين شاخص بيان ديجيتال مربوط به يك ژن ميتوكندريايي (ENSBTAG00000043545) بودكه تنها در جمعيت كليستاني بيان شد. يكي از ژن هاي متفاوت بيان شده (ENSBTAG00000014332) داراي دو ايزوفرم متفاوت بيان شده بود. آناليز ماهيت و مسير ژن هاي متفاوت بيان شده نشان داد كه آنها در 20 مسير به ويژه مسير هاي مرتبط با ايمني، پاسخ به تنش و تشكيل رگ هاي خوني جديد درگير بودند. يعني مسيرهايي كه در طول زمان سازگاري دو زيرگونه مورد مطالعه با اقليم هاي خاص و بروز تفاوتهاي فنوتيپي بارز براي اين صفات را بين آن ها موجب شده اند.