جداسازي ، همسانه‌سازي و آناليزهاي بيوانفورماتيكي زير واحد I ژن سيتوكروم اكسيداز C در مركبات

Isolation, cloning and bioinformatic analysis of cytochrom oxidase C subunit I in Citrus

سيتوكروم اكسيدازc، كمپلكس پروتئيني در غشاء داخلي ميتوكندري يوكاريوت ها و غشاء پلاسمايي پروكاريوت هاي هوازي است كه به عنوان آخرين آنزيم در چرخه انتقال الكترون به اكسيژن ايفاي نقش مي‌كند. سيتوكرم اكسيدازc در ساختار خود 3 زير واحد (2،1 و 3) دارد. در اين مطالعه زير واحد 1 سيتوكروم سي اكسيداز متعلق به پرتقال Citrus sciences بررسي شد. به اين منظور پس از طراحي آغازگرهاي اختصاصي بر اساس توالي‌هاي حاصل از مطالعه قبلي cDNA-AFLP بر روي گريپ-فروت، پرتقال، ليمو ترش، نارنگي و سلطان مركبات، ژن مورد نظر با روش PCR تكثير شد و در پلاسميد pGEM-T همسانه شد. انتخاب نوتركيب ها از طريق سيستم گزينش آبي- سفيد صورت گرفت. قطعات همسانه شده براي تاييد نهايي توالي يابي شدند. بررسي نرم‌افزارهاي بيوانفورماتيكي نشان داد كه اين ژن پروتئيني با وزن مولكولي34/23059 كيلودالتون را كد كرده و داراي 217 اسيدآمينه بوده و نقطه ايزوالكتريك آن 94/4 مي‌باشد. هدف اين مطالعه جداسازي و همسانه سازي ژن سيتوكروم اكسيدازاز ژنوم گياه پرتقال و تعيين مشخصات آن است.

Cytochrome oxidase is one of a superfamily of proteins which act as the terminal enzymes of respiratory chains. The two main classes are cytochrome c oxidases, and quinol oxidases. There are two catalytic subunits, I and II. Subunit I contains two heme centers. In this study we have isolated the cytochrom oxidase (COX) gene from orange by PCR and clone it by ligation of this product to pGEM-T vector transformed E. coli bacteria. Sequencing analysis shows that open reading frame for this gene that encode a protein with 217 amino acids. Results of phylogenetic analysis showed that this gene in orange has related to Chondrostoma cytochrom oxidase gene (COX). cytochrom oxidase gene protein secrete in membrane and it’s extracellular secretion is little. The aim of this study was isolation and cloning of cytochrom oxidase gene genes from citrus genome and determining of it’s characterizations to practical use in the plants