پديد آورندگان :
عبداللهي، حميد سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي كرج - موسسه تحقيقات علوم باغباني - پژوهشكده ميوه هاي معتدله و سردسيري , صادق نژاد، سارا دانشگاه آزاد اسلامي واحد علوم و تحقيقات تهران - دانشكده كشاورزي و منابع طبيعي
كليدواژه :
سازگاري گرده , تعيين توالي , تجزيه خوشه اي , جريان ژني , رقم بومي
چكيده فارسي :
آلل هاي جديد شناسائي شده مكان ژني خودناسازگاري گلابي معمولي، نام گذاري مجدد و همولوژي بالاي برخي اين آلل ها، سبب تداخل در بررسي و طبقه بندي آن ها شده است. تحقيق اخير با هدف مرور جامع بيوانفورماتيك و بررسي ساختار ژنتيكي كليه 27 آلل S شناسائي شده اين گونه و بررسي اين آلل ها در برخي ارقام تجاري و بومي گلابي ايران بر اساس اين اطلاعات بيوانفورماتيك و مقايسه با گزارشات قبل انجام شد. نتايج نشان دهنده وجود توالي كامل 21 آلل اين گونه بود كه به صورت نواحي 13 گانه شامل پيشرانه، پنج ناحيه حفاظت شده C1 تا C5، اينترون و 6 ناحيه بينابيني خطي و حفاظت شدگي قابل توجهي در ناحيه پيشرانه و سيگنال، به غير از نواحي C1 تا C5 مشاهده شد. همچنين در ناحيه پيشرانه اغلب آلل ها، حداقل دو جايگاه CAAT و دو جايگاه نزديك و يا به هم چسبيده TAAT مشاهده شد. تجزيه خوشه اي بخش هاي مختلف آلل ها، بيانگر شباهت كامل پلي پپتيدي دو آلل S119 و S121 بود، ليكن از نظر اينترون تفاوت جزئي در طول و توالي داشته كه دليل اشتباهات ارزيابي آلل هاي برخي ارقام داخلي نظير رقم درگزي بود. مقايسه نتايج بررسي آلل هاي خودناسازگاري در برخي از ارقام بومي با استفاده از نتاج بيوانفورماتيك نشان داد، استفاده از آغازگرهاي اختصاصي، روش كاملا قابل اعتمادي در شناسائي اين آلل ها خصوصا در ارقام داراي جريان ژني ديگر گونه ها نيست. بررسي آلل هاي خودناسازگاري ارقام نشان دهنده حضور آلل S104 در ارقام شاهد كوشيا و بوره ديل و رقم كروس سيحان (Krus Siehan)، S108 در كروسالون (Krusalun)، S107 در شاه ميوه و شكري، S119 در اسفرايني و درگزي، S35 گونه P. ussuriensis در ارقام كفتربچه، شيرين تركان و كنجوني و S19 گونه P. × bretschneideri به عنوان ديگر آلل رقم شكري بود. نتايج ضمن تاييد گزارشات قبلي وجود جريان ژني ديگر گونه هاي گلابي در تكامل ارقام بومي ايران، نشانگر اهميت بررسي جامع بيوانفورماتيك آلل هاي جنس Pyrus در كنار هم بود.
چكيده لاتين :
New identified alleles of self-incompatibility locus in Pyrus communis and renumbering of these alleles caused some confusion in their evaluation and categorization. Therefore, this research was performed for a comprehensive bioinformatics review on all 27 S-alleles of this species, and identification of S-alleles in some native Iranian pear cultivars. The results demonstrated that 21 S-alleles, out of 27 identified S-alleles are completely sequenced, that subsequently all 13 parts of them, including promoter, signal region, conserved C1 to C5, intron region and 6 intermediate region were aligned. Bioinformatic analysis revealed considerable conservation also in promoter, signal and terminal parts of locus and their appropriateness for primer design, also showed presence of two CAAT and two coherent TAAT boxes in most promoter regions of S-alleles. Cluster analysis of various parts of alleles showed the complete similarity of polypeptide sequence of S119 and S121 alleles, but in intron region they were moderately different, this high similarity level causes some mistakes in S-alleling of some cultivars such as Dargazi. Comparison of the results also demonstrated that due to sequence similarities and gene flow of other species, the specific primer method is not a trustable method for S-alleling in pear. Finally, S-alleling of some cultivars confirmed S104 in two control cultivars, Coscia and Beurre Diel, also in central Asian cultivar, Krus Siehan, also S108 in Krusalun and S107 in Shekkari and Shahmiveh cultivars, while S119 in Esfarayeni and Dargazi. Interestingly, S35 from P. ussuriensis in Shirin Torkan, Konjuni and Kaftarbache cultivars and S19 from P.×bretschneideri as the second allele of Shekkari cultivar were detected that reconfirming the previously reported gene flow of other Pyrus species in the native Iranian pear cultivars.
