استخراج رابطه علّي- معلولي ترانسكريپتومي در بافت غدد پستاني گاو شيري با استفاده از شبكه بيزي

هدف از اين مطالعه، شناسايي ژن‌هاي تنظيمي مؤثر در بروز بيماري ورم پستان در گاو شيري با استفاده از داده-هاي ريزآرايهDNA بود. بدين منظور فايل بيان ژني با بيشترين تعداد آرايه و متعلق به پلت‌فرم افي‌متريكس GPL1221 با شماره دسترسي GSE24560از پايگاه GEO استخراج شد. براي آزمون كنترل كيفيت داده از بسته‌يArrayQualityMetrics و براي پيش‌پردازش داده‌ها از تابع Threestep بسته‌ي AffyPLM در محيط R استفاده شد. پس از شناسايي ژن‌هاي متفاوت بيان‌شده، الگوريتم جستجوي تابو در بسته bnlearn براي شناسايي ژن‌هاي تنظيمي مورداستفاده قرار گرفت. نتايج حاصل از اين پژوهش بيانگر نقش علّي و تنظيمي ژن‌هاي BCL2A، CCL2، S100A12، AOX1 و MGP بر بيان ساير ژن‌ها در بافت پستاني گاو شيري بود. بررسي هستي‌شناسي ژن‌ها، تفاوت معني‌داري را در 7 گروه عملكردي مولكولي، 48 گروه فرآيندهاي زيستي و 11 گروه اجزاي سلولي در شرايط بروز بيماري ورم پستان در بافت غدد پستاني نشان داد. همچنين نتايج غني-سازي مجموعه داده‌هاي بيان ژني نشان داد بيشتر ژن‌هاي متفاوت بيان‌شده در اين پژوهش به طور معني داري(P< 0.05) در مسيرهاي متابوليكي (GO:0009605، GO:0002376 و GO:0006954) فعال بوده و در فرآيندهاي پاسخ به بروز عوامل بيماري‌زا، پاسخ‌ ايمني و پاسخ به التهاب در بافت پستاني گاو شيري نقش دارند.

اين مقاله فاقد چكيده لاتين است