تجزيه و تحليل ساختار كامل ناحيه دي لوپ ميتوكندريايي به همراه موتيف‌هاي تنظيمي در 4 گونه ماهيان خاوياري درياي خزر

Analysis of complete structure of mitochondrial D-loop region with regulating motifs in four sturgeon species of the Caspian Sea

در اين پژوهش قطعه كامل دي لوپ به همراه موتيف‌هاي تنظيمي آن در چهار گونه از ماهيان خاوياري درياي خزراز جنس Acipenser (چالباش A.Gueldenstadtii، قره برون A.persicus، شيپ A.nudiventris، اوزون برون A.stellatus) مورد بررسي قرار گرفت. استخراج DNAبا استفاده از روش استات آمونيوم و واكنش PCR توسط يك جفت آغازگر اختصاصي جهت تكثير ناحيه كامل دي لوپ انجام گرفت. توالي‌يابي با استفاده از روش سنگر انجام شد. توالي تكراري ميني ستلايت در ناحيه بالادست دي لوپ و بعد از توالي كدكننده تي آر ان آ پرولين در همه گونه‌ها به جز شيپ مشاهده شد. نتايج نشان داد كه واحدهاي تكراري مركزي 83-82 جفت بازي با 2/3 تكرار در چالباش و قره‌برون و 4/2 تكرار در اوزون‌برون سبب تنوع طول در اين ناحيه شده است. علاوه بر اين، توالي تكراري مركزي، دو توالي تكراري ديگر با اندازه 39 و 43 جفت باز نيز در اين بخش مشاهده شد كه اين توالي ها نيز با 2/3 تكرار در اين ناحيه وجود داشتند. طول ناحيه كنترلي در گونه‌هاي چالباش، قره‌برون، اوزون‌برون و شيپ به ترتيب برابر با 921، 870، 826 و 839 جفت باز بود. بررسي ساختار كلي ناحيه دي لوپ نشان داد كه ناحيه كنترلي ماهيان خاوياري شامل همولوگ‌هايي از بلوك‌هاي توالي محافظت شده CSB مي‌باشد كه واحد هاي تكراري ميني ستلايت در بالادست اين بلوك‌ها واقع شده‌اند. حضور توالي‌هاي تكراري ميني ستلايت در ناحيه كنترلي دي لوپ اهميت اين نشانگرها را در برنامه‌هاي حفظ منابع ژنتيكي و غربالگري ماهيان خاوياري نشان مي‌دهد.

In this study, analysis of complete structure of mitochondrial D-loop region with its regulatory motifs was investigated in four species of the Acipenser of Caspian sea (A. gueldenstadtii, A. persicus, A. stellatus, A. nudiventris). DNA extraction was done by acetate Ammonium method and PCR reaction were performed by a pair of specific primers for the complete amplification of D-loop along with sequences associated with tRNA-threonine and proline. Sequencing on amplified fragments were was done on both strands. Repetitive sequence of tandem repeat (mini-satellite) was observed in the upstream site of D-loop region after the sequence of tRNA proline in all species except the Ship. The results showed that the central repetitive units of 83-82 pairs with 3.2 repetitions in A. persicus and A. gueldenstaedtii and 2.4 repetitions in A. stellatus were the reason for the length variation in this region. In addition to the central repeat sequences, there were two more repetitive sequences of 39 and 43 bp in this section, which were also present with 3.2 repetitions. But none of these repetitive sequences was observed in ship. The length of the control region in the A. gueldenstadtii, A. persicus, A. stellatus, A. nudiventris was 921, 870, 826 and 839 bp, respectively. The overall structure of the D-loop region showed that the sturgeon control region is similar to that of other fish, including the homologues of the CSB -conserved blocks, which are located on the upstream of these blocks. According to the presence of tandem repeat (mini-satellite) in control D-loop region and also the importance of these markers in conservation programs for genetic resources it may be possible to use them in screening of sturgeon species.