ويژگي‌هاي مولكولي و تبارزايي جدايه آفتابگردان ويروس موزائيك زرد لوبيا

Molecular and phylogenetic characteristics of sunflower isolate of Bean yellow mosaic virus

ويروس موزاييك زرد لوبيا (Bean yellow mosaic virus, BYMV) از گونه‌هاي مهم جنس پوتي‌ويروس است كه داراي گسترش جهاني مي‌باشد.‌ در پژوهش حاضر ژنوم كامل يك جدايه ايراني از اين ويروس با نام اختصاري BYSun كه براي اولين بار از آفتابگردان جداسازي شده است، توالي‌يابي شد و مورد بررسي قرار گرفت. براي تكثير ژنوم تمام طول جدايه BYSun از سه راهكار كلي، بهره‌گيري از آغازگرهاي دژنره و اختصاصي و تكثير انتهاي 5` با استفاده از روش 5` RACE استفاده گرديد. اندازه آر ان اي ژنومي BYSun (بدون محاسبه دنباله (polyA 9547 نوكليوتيد تعيين شد كه پلي پروتيين بزرگي داراي 3056 اسيدآمينه را رمزگرداني مي‌كند. در نواحي ترجمه‌نشدني3'و5' به‌ترتيب 171 و 206 نوكليوتيد شناسايي شد. علاوه بر اين، چارچوب خوانش PIPO نيز به‌صورت همپوشان در ناحيه P3 اين جدايه مورد شناسايي قرار گرفت. بررسي با روش‌هاي مختلف در نرم‌افزار RDP4 نشان داد كه جدايه BYSun داراي حداقل يك نوتركيبي در ژنوم خود مي‌باشد. نتايج حاصل از مقايسه ترادف نوكليوتيدي و اسيدآمينه‌اي ژنوم جدايه BYSun با ترادف‌ 23 جدايه موجود در بانك ژن نشان داد كه جدايه استراليايي BYMV-S كه از باقلا جداسازي شده است بيشترين شباهت را با اين جدايه دارد. در درخت‌هاي تبارزايي رسم شده بر اساس ترادف جدايه‌هاي مورد بررسي، جدايه‌هاي مختلف BYMV بسته به ناحيه ژنومي در شش تا هشت گروه قابل تفكيك هستند كه جدايه BYSun به همراه جدايه استراليايي در شاخه‌اي تحت عنوان S قرار مي‌گيرند. جدايه BYSun اولين جدايه ايراني ويروس موزاييك زرد لوبيا است كه به صورت كامل تعيين ترادف شده است.

Bean yellow mosaic virus (BYMV) is one of the most important members of the genus Potyvirus that is distributed worldwide. In the present study, the complete genome sequence and molecular characteristics of a BYMV sunflower isolate (BYSun) from Iran has been reported. The complete nucleotide sequence of BYSun was determined using degenerate and specific primers and 5`-RACE. The viral genome comprises 9547 nucleotides, excluding a 3´-terminal poly (A) sequence. The genome of BYSun has a 206 nt 5´-non coding and a 171 nt 3´-non coding region. The RNA encodes a single polyprotein of 3056 amino acid residues and has a deduced genome organization typical for the members of the genus Potyvirus and nine cleavage sites of the polyprotein were predicted. The small overlapping ORF (PIPO) in the P3 gene was also deduced. When analyzed using the RDP4 program, at least one recombination breakpoint was identified in BYSun genome. BYSun along with 23 full-length sequences of BYMV isolates from Genbank were subjected to phylogenetic analysis that showed the highest nucleotide and amino acid sequence identitywith Australian isolate of BYMV-S isolated from Broad bean. Phylogenetic analysis of different BYMV isolates sequences revealed existence of six to eight phylogenetic groupings depending on parts of investigated genome. BYSun and BYMV-S grouped apart from other isolates and were placed within a distinct group, currently designated “S”. This is the first report of a full-length sequence of a BYMV isolate from Iran.