شناسايي تنوع زيستي نوكارديا هاي جدا شده از نمونه هاي باليني بيمارستان هاي تهران با روش فنوتيپي و روش مولكولي

Identification of biodiversity of Nocardia spp. Isolated from clinical samples of the Tehran hospitals using phenotypic and molecular method

زمينه و هدف: نوكارديا يك باكتري گرم مثبت، رشته اي با ويژگي اسيد فست نسبي است . نوكارديوزيس معمولا به شكل بيماري حاد يا مزمن همراه با چرك يا ايجادگرانولوماتوز نمايان مي شود كه مي تواند بيماري مهاجمي را هم در افراد سالم وهم در افراد ايمونوساپرس ايجاد كند. هدف از اين مطالعه شناسايي تنوع زيستي نوكارديا هاي جدا شده از بيمارستان هاي تهران با روش فنوتيپي و مولكولي PCR است. روش بررسي: تعداد 200 نمونه باليني از محوطه بيمارستانهاي تهران جمع آوري شد. پس از انجام جداسازي توسط روش Paraffin baiting كلوني ها با بررسي ماكروسكوپي و سپس ميكروسكوپي توسط رنگ آميزي گرم و اسيد فست نسبي، توانايي رشد در ليزوزيم مايع، رشد در 45 درجه سانتيگراد و ساير تست هاي بيوشيميايي مورد ارزيابي قرار گرفت. در نهايت با طراحي پرايمر اختصاصي جنس و انجام واكنش PCRبه مقايسه دو نتيجه با يكديگر پرداخته شد. يافته ها: از تعداد 200 نمونه ، 30 ايزوله بدست آمد كه از نظر كشت و تست هاي بيوشيميايي مثبت تشخيص داده شد . نتيجه گيري: با توجه به تنوع گونه هاي مختلف جنس نوكارديا به دليل شرايط متفاوت در انجام تست هاي فنوتيپي و بيوشيميايي ممكن است جنسي ديگر از خانواده اكتينوميست به اشتباه نوكارديا تشخيص داده شود و انجام روش هاي مولكولي مي تواند تاييدي بر روش فنوتيپي باشد .

Background and objective: Nocardia is a germ-positive filamentous bacterium with relative acid-fast properties that ubiquitously exists as an environmental saprophyte. Nocardiosis is usually characterized as an acute or chronic illness associated with pus or granulomatosis, which can cause an aggressive disease both in healthy people and immunosuppressive patients. The aim of this study was to identify the biodiversity of Nocardia species isolated from Tehran hospitals via phenotypic and PCR molecular approaches. Materials and methods: 200 samples were collected from Tehran hospitals. After being separated by paraffin baiting technique, the colonies were evaluated for their growth abilities in liquid lysozyme and at 45°C and based on other biochemical tests via macroscopic examinations and then microscopic gram and relative acid-fast staining practices. Ultimately, we designed a genus-specific primer set and performed the PCR reaction to compare both results. Results: From the 200 samples, 30 samples were identified as positive based on the culture and biochemical tests and molecular method. Conclusion: Considering the species diversity of Nocardia genus and the existence of different conditions for performing phenotypic and biochemical tests, it is very probable that another genus relevant to the actinomycete family be mistakenly identified as Nocardia. Thus, molecular methods can provide confirmation of the phenotypic approach.