شناسايي تنوع ژنوم در مرغ مرندي با استفاده از روش توالي يابي كل ژنوم

هدف: ارزيابي و حفاظت از مرغان بومي به عنوان ذخاير ژنتيكي آينده ضروري است. در اين تحقيق تنوع ژنومي چهار قطعه مرغ از نژاد مرندي با استفاده از تكنيك توالي يابي كل ژنوم بررسي شد. مواد و روش ها: نمونه خون چهار قطعه مرغ بومي از استان آذربايجان شرقي گرفته شد. ﺗﻮاﻟﯽ ﯾﺎﺑﯽ ﮐﻞ ژﻧﻮم ﺑﻪ ﺻﻮرت -End paired يا دو ﺳﻮﯾﻪ ﺗﻮﺳﻂ ﺷﺮﮐﺖ اﯾﻠﻮﻣﯿﻨﺎ 2500 Hiseq اﻧﺠﺎم ﺷﺪ. كيفيت داده ها توسط برنامهFastQC بررسي شد ند. داده ها به وسيله الگوريتم MEM به كار برده شده در برنامة BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5.0/galGal5) همرديف شد ند. چندريختي هاي تك نوكلئوتيدي (SNPs) و حذف و اضافه هاي كوچك ژنوم با برنامة GATK شناسايي شد ند. مستند سازي چند ريختي هاي تك نوكلئوتيدي و حذف و اضافه هاي كوچك ژنوم با برنامة SnpEff انجام شد. تنوع ژنتيكي ژنوم چهار مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتايج: درصد همرديفي توالي هاي كوتاه با ژنوم مرجع بالاي 99 درصد بود و ميانگين عمق پوشش X7 بود. در اين پژوهش 8679990 چند ريختي تك نوكلئوتيدي و 911095 حذف و اضافه كوچك بدست آمد كه بيشترين مقدار آن در نواحي اينترون و بين ژني مشاهده شد. ميانگين درصد هتروزيگوسيتي مشاهده شده و مورد انتظار براي جايگاه هاي چند ريختي هاي تك نوكلئوتيدي شناسايي شده براي ژنوم چهار مرغ به ترتيب 0.33 و 0.35 بود. نتيجه گيري: نتايج مستند سازي نشان داد كه درصد چندريختي هاي تك نوكلئوتيدي خاموش (74.64 درصد) بيشتر از درصد چندريختي هاي تك نوكلئوتيدي غير مترادف (بد معني و بي معني، 25.36 درصد) در ژنوم مرغ است. اطلاعات بدست آمده از اين پژوهش، مي تواند براي برنامه هاي اصلاح نژادي و حفاظتي و نيز بررسي ‌هاي ساختار جمعيتي سودمند واقع شوند.