شناسايي ماركرهاي ژنتيكي و پروتئيني سالمونلا انتريكا سرووار تيفي موريوم با استفاده از آناليزهاي بيوانفورماتيكي با رويكرد تشخيص و درمان

زمينه و اهداف: سالمونلا انتريكا سرووار تيفي موريوم يكي از علل شايع مسموميت هاي غذايي در انسان مي باشد. با توجه به اين كه انتخاب ماركرهاي مناسب يكي از چالش هاي اصلي روش هاي تشخيصي ارائه شده براي اين پاتوژن مي باشد، در مطالعه حاضر، با استفاده از ابزارهاي بيوانفورماتيكي، ماركرهاي ژنتيكي اين سرووار به عنوان اهداف تشخيصي مناسب غربال گرديد. در فاز دوم كار، ساختار و عملكرد پروتئين هاي كد شده به وسيله اين ماركرها تعيين شد. مواد و روش كار: اين مطالعه در سال ۹۶۱۳۹۵ اجرا گرديد. به منظور يافتن ماركرهاي ژني سالمونلا تيفي موريوم، ۴۵ ژنوم كامل سرووار سالمونلا تيفي موريوم و ساير جنس هاي خانواده انتروباكترياسه با استفاده از نرم افزار Mauve مورد مقايسه قرار گرفتند. به منظور تعيين ساختار و عملكرد پروتئين هاي مربوط به اين توالي ها به ترتيب از نرم افزارهاي ITASSER و Phyre۲ براي مدل سازي ساختاري و از پايگاه ها و نرم افزارهاي CDD، InterProScan، DALI و ProFunc براي تعيين عملكرد استفاده شد. يافته ها: نواحي خاصي از ژن هاي STM۴۴۹۱-STM۴۴۹۶ به عنوان ماركرهاي اختصاصي سالمونلا تيفي موريوم تعيين شدند. عملكرد پروتئين هاي مربوط به اين ژن ها در ۵ گروه شامل Lon پروتئازها، پروتئين هاي متصل شونده به نوكلئوتيد، NTPase ها، پروتئين هاي درگير در مسير ترميم DNA و DNA متيلازها پيش بيني شد. نتيجه گيري: نواحي اختصاصي از ژن هاي STM۴۴۹۱STM۴۴۹۶ مي توانند به عنوان اهداف تشخيصي كارآمد براي شناسايي سرووار بيماري زاي سالمونلا تيفي موريوم مورداستفاده قرار گيرند. علاوه بر اين، پروتئين هاي كد شده به وسيله اين ماركرها مي توانند به عنوان اهدافي مناسب در طراحي عوامل درماني جديد در پيشگيري و درمان عفونت هاي ناشي از اين پاتوژن پيشنهاد شوند.