طراحي بيوانفورماتيكي و آناليز ايمونوژن كايمر عليه اتصال و سميت باكتري ويبريوكلرا

زمينه و هدف: بيماري هاي اسهالي ناشي از باكتري هاي روده اي عامل مهم مرگ ومير در كشورهاي در حال توسعه به ويژه در كودكان زير پنج سال است. واكسن ها مي توانند راه حل مهمي براي پيشگيري از اين بيماري باشند. فاكتور كلونيزاسيون پيلي (TcpA)، پروتئين غشاي خارجي W و توكسين كلرا مهم ترين عوامل بيماري زايي ويبريوكلرا هستند و ويژگي هاي ايمونوژنيك دارند. در اين مطالعه، ايمونوژني نوتركيب سه گانه متشكل از TcpA, CTXB OMPW, طراحي شد. پروتئين كايمر كه دربردارنده اپي توپ هاي Bcell و توالي با خاصيت ادجوانتي است، مي تواند به طور بالقوه احتمال بروز پاسخ هاي ايمني مؤثر را افزايش دهد. مواد و روش كار: براي افزايش احتمال بيان پروتئين OTC، كدون هاي ژني و انواع پارامترهاي مؤثر در بيان بهينه شد و تجزيه وتحليل ترموديناميكي ساختار mRNA با هدف بررسي پايداري انجام گرفت. همچنين ساختار سوم پروتئين پيش بيني شد، كيفيت ساختارها ارزيابي، و اپي توپ هاي خطي و فضايي نيز تعيين شد. يافته ها: پروتئين با ترتيب توالي OTC بيشترين شاخص آنتي ژني را نشان داد. شاخص سازگاري كدون سازه كايمري به ۰/۸۹ افزايش يافت. ساختار سوم پيش بيني شده براساس سرور RaptorX كيفيت مناسبي را نشان داد. آناليز ترموديناميكي ساختار mRNA نشان داد ساختار پيش بيني شده پايدار است. اپي توپ هاي فضايي و خطي در هر سه دومين پروتئين كايمر ديده شد. نتيجه گيري: نتايج نشان داد پروتئين حاصل از اين ساختار طراحي شده مي تواند در برابر عملكرد اتصال و توكسين باكتري ويبريوكلرا مانند يك ايمونوژن عمل كند.