ارزيابي بيوانفورماتيكي پلي‌مورفيسم‌هاي تك نوكلئوتيدي غير مترادف (nsSNPs) بيماري‌زا در ناحيه كد‌كننده ژن پروتئين پريون انساني (PRNP)

زمينه و هدف: پلي مورفيسم هاي تك نوكلئوتيدي عامل ايجاد تنوع ژنتيكي در جانداران مي باشند و در اين ميان، پلي مورفيسم هاي تك نوكلئوتيدي غير مترادف (nsSNPs) باعث تغيير در باقيمانده هاي اسيدآمينه مي شوند. تحقيق اخير با هدف بررسي احتمال ارتباط بين تمامي چندشكلي هاي گزارش شده از ژن پريون انساني و بروز بيماري انجام شده است.مواد و روش ها: در اين مطالعه توالي اسيدآمينه ايزوفرم اصلي ژن پروتئين پريون انساني از پايگاه داده UniProt استخراج و توسط سرورهاي FoldAmyloid و AmylPred موردبررسي قرار گرفت. همچنين تمامي پلي مورفيسم هاي تك نوكلئوتيدي غير مترادف اين پروتئين از پايگاه داده dbSNP استخراج و توسط سرورهاي بيوانفورماتيكي SIFT،PolyPhen-2، IMutant-3.0،PANTHER،SNPs GO ،PHD-SNP،Meta-SNP و MutPred براي تعيين زيان بارترين SNP مورد ارزيابي قرار گرفت.نتايج: بررسي توالي پروتئين توسط سرورهاي FoldAmyloid و AmylPerd، نواحي 15-5، 178-174، 184-180، 217-211 و 252-240 را به عنوان حساس ترين بخش هاي پروتئين در روند آميلوئيدي شدن معرفي كردند. همچنين از غربالگري تمام nsSNPهاي ايزوفرم اصلي پروتئين توسط سرورهاي استفاده شده، 105 مورد جايگزيني والين به جاي آسپارتيك اسيد در جايگاه 178 با شناسه ي rs11538766 را به عنوان زيان بارترين nsSNP در ساختار پروتئين پيش بيني كردند.نتيجه گيري: بر اساس نتايج، جايگزيني والين به جاي آسپارتيك اسيد در موقعيت 178 (D178V) به عنوان زيان بارترين جهش در ساختمان پروتئين پريون انساني پيش بيني شد. همچنين مكانيسم مولكولي ارائه شده توسط سرور MutPred نيز دلالت بر افزايش ساختار بتا (Gain of sheet) در فرم فضايي پروتئين دارد كه مسبب افزايش احتمال توليد و تجمع تشكيلات فيبريلي خواهد بود.