بررسي بيوانفورماتيكي ساختار و عملكرد سم لبستاتين جداشده از زهرمار ماكروويپريالبتينا

زمينه و هدف: لبستاتين، يك ديس اينتگرين پلي پپتيدي تك زنجيره اي متشكل از 107 آمينواسيد است كه از زهرمار ماكروويپريالبتينا جداسازي شده است. لبستاتين بااتصال به اينتگرين و مهار عملكرد آن، چسبندگي و مهاجرت سلول هاي اندوتليال را خنثي كرده و اثر ضد رگ زايي دارد. هدف از انجام اين پژوهش، بررسي برهمكنش اين پپتيد با اينتگرين و شناسايي اسيدهاي آمينه ي مهم درگير در اين برهمكنش است.مواد و روش ها: با توجه به اهميت لبستاتين در مهار چسبندگي و مهاجرت سلول هاي سرطاني؛ در اين پژوهش ساختار سه بعدي اين پپتيد توسط سرور phyre2 شبيه سازي شده و با پپتيدهاي مشابه مورد مقايسه قرار گرفت. در مرحله ي بعد، به منظور شناسايي مكانيسم دقيق عملكرد اين پپتيد، برهمكنش آن با زيرواحد اينتگريني 1 α با استفاده از سرور Z-Dock بررسي شد. نتايج حاصل از اين برهمكنش نيز با كمك نرم افزارهاي Chimera1.5.3 و SPDBV آناليز گرديد.نتايج: نتايج حاصل از شبيه سازي لبستاتين نشان داد كه اين سم ازلحاظ ساختار، شباهت بسياري زيادي با پروتئين هاي هم خانواده ي خود دارد. به علاوه بررسي هاي بيوانفورماتيكي نشان داد كه ريشه هاي Lys50، Cys71 و Tyr92 از لبستاتين و Asp20، Tyr17 و His118 از زير واحد 1α از مهم ترين اسيدهاي آمينه ي درگير در برهمكنش اين دو پروتئين هستند.نتيجه گيري: بررسي هاي بيوانفورماتيكي مورد استفاده در اين پژوهش، سبب شناسايي اسيدهاي آمينه ي مهم درگير در برهمكنش ميان لبستاتين و اينتگرين هدف آن گرديد. اين نتايج را مي توان در طراحي و توليد مصنوعي پپتيدهاي متفاوت و قوي تر براي مهار اينتگرين و درنتيجه مهار مهاجرت و رگ زايي سلول هاي سرطاني مورد استفاده قرار داد.