شناسايي ژن‌هاي مرتبط با بقا در سرطان كليه با استفاده از روش مؤلفه‌هاي اصلي لاسو

زمينه و هدف: يافتن ژن هاي مرتبط با بقا بر مبناي داده هاي بيان ژن، يك كاربرد مهم داده هاي ريزآرايه مي باشد. هدف از مطالعه حاضر شناسايي ژن هاي مرتبط با بقاي بيماران مبتلا به سرطان متعارف سلول هاي كليوي با استفاده از داده هاي بيان ژن حاصل از ريزآرايه است. روش كار: اين مطالعه از نوع تحليل بقاي داده هاي ابعاد بالا است. 177 نمونه بيمار مبتلا به سرطان متعارف سلول هاي كليوي (conventional Renal Cell Carcinoma: cRCC) و براي هر فرد 14814 ژن مورد بررسي قرارگرفته است. براي تشخيص ژن هاي مرتبط با بقا از روش مؤلفه هاي اصلي لاسو (Lassoed Principal Components: LPC) استفاده شده است كه از اطلاعات بيان همه ژن ها براي محاسبه امتياز يك ژن استفاده مي نمايد. در نهايت براي تعيين تعداد ژن هاي معنادار از معيار نرخ تشخيص كاذب (False Discovery Rate: FDR) استفاده شده است. تجزيه و تحليل آماري با استفاده از نرم افزار R انجام شده است. يافته ها: بر اساس يافته هاي اين مطالعه استفاده از نقطه برش 0.001 براي معيار FDR و بررسي 1041 ژن مرتبط با وضعيت بقاي بيماران cRCC كه به ترتيب اهميت قدر مطلق امتيازهاي LPC بالاتري دارند، امكان بروز كمترين خطا را فراهم آورده است. نتيجه گيري: در اين پژوهش پس از رتبه بندي ژن ها توسط امتياز LPC برحسب ميزان تغييرات بيان مرتبط با وضعيت بقاي بيماران cRCC، 11 ژن از مهم ترين ژن هاي مرتبط با بقا شناسايي شدند. امتيازهاي LPC اين 11 ژن منفي هستند بنابراين با افزايش بيان اين ژن ها بقاي بيماران cRCC افزايش يافته است و به عبارت ديگر افزايش بيان اين ژن ها فاكتورهاي محافظتي اين بيماران به شمار مي آيند.