پويش‌ كل ژنوم هشت نژاد گاو بومي ‌ايران براي شناسايي نشانه هاي ‌انتخاب

Whole-genome scan of eight Iranian native cattle breeds to detect selection signatures

در تحقيق حاضر، قسمت‌هايي از ژنوم گاوهاي بومي ايران كه شواهدي از انتخاب براي جهش‌هاي مختلف را نشان مي‌دهند، شناسايي شد. بدين منظور از داده‌هاي 777962 نشانگر چندشكلي ‌تك‌نوكلئوتيد پراكنده در سرتاسر ژنوم و 90 حيوان از هشت نژاد گاو بومي ايران (سرابي، كرماني، سيستاني، نجدي، كردي، تالشي، پارس و مازندراني) براي شناسايي نشانه‌هاي انتخاب استفاده شد. بررسي تمايز جمعيتي با استفاده از روش شاخص‌ تثبيت (Fst) تصحيح شده براي اندازه نمونه (θ) نشان داد كه در چندين مكان ژني شواهدي از انتخاب در اين هشت نژاد وجود دارد. در طول 30 كروموزوم گاو، تعداد هفت ناحيه ژنومي شناسايي شد كه نشانه‌هاي انتخاب در آن‌ها وجود داشت. اين نواحي بر روي كروموزوم‌هاي يك، دو، هفت، هشت، 12، 13 و X واقع بودند. بررسي ژن‌ها و QTL هاي پيشين گزارش شده در مكان‌هايي از ژنوم گاو كه تحت تأثير انتخاب بوده‌اند، نشان داد كه اين مكان‌ها با ژن‌ها و QTL هاي صفات مهم اقتصادي نظير صفات مرتبط با توليد و اجزاي شير، وزن بدن، مقاومت به سرما و صفات توليدمثل مرتبط هستند. نتايج تحقيق حاضر، اطلاعات مفيدي از وجود تنوع ژنتيكي و نشانه هاي انتخاب در گاوهاي بومي ايران فراهم كرد.

This study aimed to identify genes that show signatures of selection for mutations in Iranian native cattle breeds. The data consisted of genotypes for ~777962 SNP markers of 90 animals from eight Iranian native cattle breeds distributing over the country. Therefore, the aim was to identifying divergently selected regions of the genome. Study of population differentiation across the genome using Weir and Cockerham’s FST test revealed some regions showing evidence of selection. Across the 30 bovine chromosomes (BTA), seven putative selection signatures were detected. These regions were located on chromosomes 1, 2, 7, 8, 12, 13 and X. Finally, study of the reported QTL regions in the orthologous areas of the cattle genome showed that the genomic regions identified in this study overlapped with the reported QTL representing economically important traits such as milk yield, cold tolerance and reproductive traits. Result of this research provided important information on existence of genetic diversity and selection signatures in Iranian native cattle.