مطالعه پويش كل ژنومي صفات كيفي گوشت در جمعيت F2 حاصل از مرغ بومي آذربايجان غربي و سويه گوشتي آرين

Genome-Wide Association Study for meat quality traits in an F2 intercross between Azerbaijan native chickens and Ariyan broiler line

در اين تحقيق به منظور شناسايي جايگاه‌ها و ژن‌هاي مرتبط با صفات كيفيت گوشت، مطالعه پويش كل ژنوم (GWAS) با استفاده از يك تراشه SNP ژنوم مرغ (SNP Beadchip (Illumnia 60k Chicken در يك جمعيت F2 حاصل از تلاقي دوطرفه مرغ بومي آذربايجان غربي و لاين B سويه گوشتي آرين انجام شد. براي هر پرنده، صفات شامل: ظرفيت نگهداري آب، رنگ گوشت (روشنايي ، قرمزي و زردي)، ميزان نيروي برشي و PH نهايي گوشت اندازه‌گيري شد. با استفاده از دو مدل خطي معمول (GLM) و مدل خطي مختلط فشرده (Compressed MLM) ارتباط هر يك SNP‌ها با صفات كيفيت گوشت بررسي شد. در مجموع تعداد 36 نشانگر SNP در سطح احتمال پيشنهادي و معني‌داري براي صفات كيفيت گوشت شناسايي شد كه تعداد 3 نشانگر SNP با روش Compressed MLM براي صفت فاكتور زردي گوشت و تعداد 18 نشانگر SNP با روش GLM براي صفات فاكتور زردي گوشت، pH نهايي گوشت، ظرفيت نگهداري آب و ميزان نيروي برشي معني‌دار شدند. ژن‌هاي كانديداي شناسايي‌شده، عملكرد مولكولي مرتبط با صفات كيفيت گوشت داشتند و لذا مي‌توان از اين ژن‌هاي كانديدا در برنامه‌هاي اصلاحي طيور مورد استفاده قرار‌داد.

In order to identify loci and genes associated with meat quality traits, genome-wide association study (GWAS) were conducted in a F2 population derived from a reciprocal cross between Azerbaijan native chickens and Aryan broiler line by using Illumnia 60 K Chicken SNP Bead chip. For each bird, a total 6 traits including water holding capacity, meat color lightness (L*), redness (a*), yellowness (b*), shear force and ultimate pH were measured. The SNPs that were associated with meat quality traits were identified using both GLM and compressed mixed linear models (CMLM). A total of 36 SNPs were associated with meat quality traits in the genome–wide significance and suggestive levels, that 3 SNPs were significantly associated with meat color yellowness through CMLM model and 18 SNPs were suggestively associated with meat color yellowness, ultimate pH, water holding capacity and shear force through GLM model. The identified candidate genes have molecular functions related to meat quality traits. So, these candidate genes can be applied in the chicken breeding scheme.