افزايش پوشش پروتئوم سلول‌هاي Hs578T، متعلق به سرطان پستان، در نمايه‌ي الكتروفورز دو بعدي با حذف كارآمد مداخله‌گرهاي غير پروتئيني

مقدمه:با وجود استفاده‌ي گسترده، پوشش پروتئيني پايين و الگوهاي اسميري، از مهم‌ترين موانع بازدارنده براي استفاده از مطالعات پروتئوميك مبتني بر ژل در بررسي‌هاي باليني مي‌باشد. بنابراين، در اين مطالعه تلاش شد تا پوشش نمايه‌ي دو بعدي پروتئوم رده‌ي سلولي Hs578T، متعلق به سرطان پستان افزايش يابد و تأثير كارآمدي روش‌هاي مرسوم حذف مداخله‌گرهاي غير پروتئيني در افزايش تعداد پروتئين‌ها در نمايه‌ي دو بعدي ارزيابي گردد.روش‌ها:سلول‌هاي رده‌ي Hs578T، به منظور استخراج عصاره‌ي خام سلولي، در بافر ليز مناسب تيمار شدند. عصاره‌هاي سلولي حاصل از استخراج‌هاي متعدد، با هم همگن و در حجم‌هاي يكسان تقسيم شدند و در سه تكرار، با روش‌هاي استون، استون متانول و تري‌كلرواستيك اسيد (Trichloroacetic acid يا TCA) استون خالص گشتند. سپس، پروتئوم خالص تهيه شده از هر روش، در يك بافر بازآب‌رساني استاندارد حل شد و بر روي نوارهاي Immobilized pH gradient (IPG) 17 سانتي‌متري بارگذاري گشت. پس از تفكيك ايزوالكتريك در بعد اول، محتواي پروتئوم، يك ‌بار ديگر در سيستم الكتروفورز O Farrell نيز مورد تفكيك الكتروفورتيك قرار گرفت. در نهايت، پس از ظهور نقاط پروتئيني در نمايه‌ي دو بعدي، تصاوير حاصل با استفاده از نرم‌افزار ImageMaster به ‌صورت كمي كيفي تحليل شدند.يافته‌ها:بازده‌ بازيابي پروتئوم، براي روش‌هاي استون، استون متانول و TCA استون به‌ ترتيب 0.001 ± 0.100، 0.002 ± 0.070 و 0.005 ± 0.120 نانوگرم به ازاي هر سلول محاسبه شد. آناليز تصوير نيز حضور 9 ± 1299 نقطه‌ي پروتئيني را در نمايه‌‌ي دو بعدي تخليص‌ شده با استون نشان داد كه اين تعداد براي تخليص با استون متانول و TCA استون به ترتيب 14 ± 1698 و 17 ± 1973 بود. نتايج از سه اندازه‌گيري جداگانه به دست آمد.نتيجه‌گيري: آماده‌سازي نمونه‌ها با روش TCA استون، نه تنها بالاترين بازده ‌بازيابي پروتئين را دارد؛ بلكه، پوشش پروتئومي بهتري را نيز ارايه مي‌دهد. بنابراين، اين روش براي مطالعات پروتئوميك مقايسه‌اي توصيه مي‌گردد. با اين وجود، تخليص با استون متانول، با توجه به ارايه‌ي نقاط پروتئيني قوي‌تر، براي مطالعات سرولوژيكي پروتئوم پيشنهاد مي‌گردد. lt;/p gt; lt;/div gt;