بررسي عملكرد پروتئين‌هاي پيش بيني شده از داده‌هاي RNA-Seq در گاوهاي نژاد هلشتاين و كليستاني

پژوهش حاضر به منظور تعيين نيم‌رخ بياني عددي ژن‌هاي متفاوت بيان شده در نژادهاي هلشتاين و كليستاني و همچنين بررسي عملكرد پروتئين‌هاي پيش بيني شده از ژن‌هاي متفاوت بيان شده بين دو نژاد مذكور با استفاده از داده‌هاي RNASeq انجام شد. در اين مطالعه توالي كل mRNA خون گاو ماده هلشتاين آمريكا و گاو ماده كليستاني پاكستان از طريق هم رديفي و مكان يابي خوانش هاي RNASeq روي ژنوم مرجع گاو بدست آمد و سپس تعيين نيم‌رخ بياني عددي ژن‌هاي متفاوت بيان شده انجام شد. تعداد 24616 ژن و 26716 ايزوفرم روي ترانسكريپتوم اين دو نژاد شناسايي شدند كه از اين ميان تعداد 41 ژن شناسايي شدند كه تفاوت بياني بسيار بالا و معني‌داري را نشان دادند (000015p ). ً حدود يك سوم ژن هايي كه عملكردشان بين دو نژاد متغير بود، كدكننده آنزيم هاي هيدرولاز و پنج مورد از پروتئين هاي پيش بيني شده از جمله پروتئين هاي عامل رونويسي FosB/JunD، انكوژن FOS ، ساختار elonginb، زيرواحد عامل رونويسي AP1، كمپلكس روي zif268 و عامل تنظيميرونويسي U2AF هستند كه در تنظيم رونويسي و بيان ژن ها و ويرايش RNA نقش دارند. بررسي ميان كنش شبكه اي بين پروتئين‌هاي پيش بيني شده از ژن‌هاي متفاوت بيان شده نشان داد كه پروتئين هاي پيش بيني شده در مسيرهاي مختلفي مانند مسير پيام دهي TNF، عفونت سالمونلايي، مسير پيام دهي MAPK و آرتريت روماتوئيد دخالت دارند. همچنين بررسي ها نشان داد نژاد هلشتاين و كليستاني به علت قرار گرفتن در شرايط محيطي متفاوت و فاصله تكاملي، توانسته اند با شرايط پيراموني به خوبي سازگار شوند و اين روند در سطح مولكولي از ميزان بيان ژن هاي اختصاصي شناسايي شده در اين پژوهش كاملاً قابل فهم است. از دلايل تأييدكننده اين پيشنهاد مي توان به نقش بيشتر سامانه ي ايمني در نژاد كليستاني اشاره نمود كه به علت قرار گرفتن در محيطي با آلودگي بالاتر در مقايسه با نژاد هلشتاين، ميزان بيان پروتئين هاي داراي خاصيت باكتريوسايدي (Cathelicidin 1) در آن بالا رفته و در نتيجه فعاليت سامانه ي ايمني در آن افزايش يافته است. همچنين در اين پژوهش مشخص شد كه ژن IL1B بيشترين درجه تعامل ژندارو را با داروي Canakinumab دارد. نتايج اين پژوهش نشان مي‌دهد كه در مقايسه‌هاي بين نژادي، نگاه دقيق به فعاليت پروتئين‌هايي كه توسط ژن‌هاي متفاوت بيان مي‌شوند مي‌توانند تفاوت نژادي در سطح ملكولي را بهتر توضيح دهند.