عنوان مقاله :
ويژگي هاي آنتي ژني پروتين L و پيلين تايپ 4 (PilA) باكتري فاينگولديا ماگنا (Finegoldia magna) به منظور طراحي درون رايانه‌اي واكسن پپتيدي چند اپي توپي
عنوان به زبان ديگر :
Antigenic properties of Finegoldia magna protein L and Type IV Pilin (PilA) for in-silico multi epitope peptide vaccine designing
پديد آورندگان :
جاويد، حسين جهاد دانشگاهي فارس - گروه پژوهشي ژنتيك، شيراز
كليدواژه :
Finegoldia magna , پروتئين L , واكسن پپتيدي چند اپي توپي , HLA , PilA
چكيده فارسي :
سابقه و هدف: فاينگولديا مگنا پاتوژني فرصت طلب بوده و شايع ترين گونه بيماري زاي كوكسي هاي بي هوازي گرم مثبت است و عامل ايجاد 5 تا 12 درصد تمام عفونت هاي بي هوازي. سوپر آنتي ژن پروتئين L و Pilin PilA نوع 4 آن جهت طراحي واكسن هاي پپتيدي چند اپيتوپي ارزشمند است.
مواد و روش ها: ابزارهاي ايمونولوژي محاسباتي براي پيشبيني اپيتوپ ها به كار برده شدند. اپيتوپ ها از نظر خاصيت آنتي‌ژنيستي و آلرژي‌زايي و انرژي اتصال به الل هاي HLA بررسي شده و سپس به وسيله توالي هاي GPGPG و EAAAK به هم متصل شدند. زير واحد B سم باكتري ويبريو كلرا به عنوان ادجوانت به انتهاي آميني و جهت خالص سازي و شناسايي پروتئين، توالي 6×HisTag به انتهاي كربوكسيلي اضافه گرديد و كدون ها جهت بيان آتي در اشريشيا كلي بهينه سازي شدند. پيشبيني ساختار 3D واكسن و اصلاح ساختاري انجام گرفت. ارزيابي ساختار بوسيله تحليل نمودار راماچاندران صورت گرفت. خصوصيات فيزيكي-شيميايي واكسن، انحلال پذيري و پايداري آن نيز بررسي شد.
يافته ها: اپي توپ هاي انتخابي داراي خاصيت آنتي‌ژنيستي بالا و بدون آلرژي‌زايي بوده و همچنين داراي قدرت اتصال بالا به الل هاي HLA پيشنهادي اند. ساختار سه بعدي واكسن پايداري، انحلال پذيري و نيمه عمر بالايي در ميزبان بياني اشريشيا كلي دارد.
نتيجه گيري: در اين مطالعه، پروتئين L و Pilin PilA نوع 4 باكتري فاينگولديا مگنا با موفقيت در طراحي درون رايانه اي واكسن مورد استفاده قرار گرفت. بررسي آتي برون تني و درون تني اين واكسن پيشنهاد مي شود.
چكيده لاتين :
Background & Objectives: Finegoldia magna is a potential opportunistic pathogen for humans. F. magna as the most frequent pathogenic species of Gram positive anaerobic cocci accounts for up to 5-12% of all anaerobic infections. F. magna possess Protein L super antigen and Type IV Pilin (PilA) that due to trigger intense immune responses are invaluable for designing multi epitope peptide vaccines in current study.
Materials & Methods: In this study, immunoinformatics tools were used to predict B and T cell epitopes of Protein L and Type IV Pilin (PilA). The epitopes were evaluated for antigenicity, allergenicity and binding energy to appropriate DRB3*01:01, DRB1*03:01 and DRB1*15:01 HLA alleles and then were fused together by GPGPG and EAAAK spacers. Vibrio cholera Toxin B Subunit was introduced at N-terminus of the constructed vaccine as adjuvant, and with an eye on further identification and purification, a 6×HisTag was introduced at C-terminus. Codon optimization performed for further expression in Escherichia coli host. The amino acid sequence of the multi epitope peptide vaccine used for 3D structure prediction and refinement. Then structural evaluation via ramachandran plot analysis performed. Physicochemical properties and solubility of the constructed vaccine was also studied.
Results: Results showed the selected epitopes with high antigenicity and no allergenicity. These epitopes manifest high affinity toward recommended HLA alleles. The predicted 3D model of constructed vaccine showed high stability, solubility and half-life for expression in E. coli host. Conclusion: In this study, Protein L and Type IV Pilin (PilA) used for in-silico designing an effective vaccine against F. magna.
عنوان نشريه :
دنياي ميكروب ها
