پيش‌بيني بيوانفورماتيك miRNA‌هاي هدف‌گيرنده ژن‌هاي E6 و E7 ويروس پاپيلوماي انساني تيپ 16 و 18 در سرطان دهانه رحم

زمينه و هدف: سرطان دهانه رحم (CC) سومين بدخيمي شايع در خانم‌هاست كه عمده‌ترين علت ايجاد آن، ويروس پاپيلوماي انساني (HPV) است. دو انكوژن E6 و E7 اين ويروس در روند تومورزايي آن نقش مهمي ايفا مي‌كنند. امروزه، روش‌هاي موجود براي غربالگري CC توانايي تشخيص بيماري را در مراحل اوليه ندارند؛ بنابراين، شناسايي بيوماركر‌هاي جديد جهت تشخيص به‌موقع اين سرطان حائز اهميت است. بدين منظور، در مطالعه حاضر، miRNA‌هاي هدف‌گيرنده دو انكوژن E6 و E7 ويروس پاپيلوماي انساني (تيپ 16 و 18) در CC با روش‌هاي بيوانفورماتيكي مورد بررسي قرار گرفتند. مواد و روش ها: ابتدا با استفاده از پايگاه NCBI توالي ژن‌هاي E6 و E7 براي هر دو تيپ 16 و 18 ويروس پاپيلوماي انساني به دست آمد. سپس با استفاده از پايگاه‌هاي بيوانفورماتيكي miRBase و RNA22 مناسب ترين miRNA‌هاي هدف‌گيرنده ژن‌هاي مذكور انتخاب شدند. ملاحظات اخلاقي: اين مطالعه در كميته اخلاق دانشگاه علوم‌پزشكي اراك تصويب شد. يافته ها: با توجه به ميزان p-value به‌دست‌آمده از پايگاه‌هاي بيوانفورماتيكي، miRNA‌هاي (p-value=7/51e-2) miR-92a-5p miR-195-3p (p-value=2.24e-1) ،‌miR-34a-5p (p-value=2.73e-1) و miR-155-5p (p-value=4.95e-2) براي دو ژن E6 و E7 معرفي شدند. نتيجه گيري: نتايج حاصل از بررسي‌هاي بيوانفورماتيكي نشان داد از بين چهار miRNA شناسايي‌شده، احتمالاً miR-155-5p و miR-92a-5p به ترتيب به عنوان miRNA‌هاي هدف‌گيرنده اختصاصي ژن‌هاي E6 و E7 هستند؛ بنابراين، به نظر مي‌رسد اين miRNA‌ها مي‌توانند كانديد مناسبي براي مطالعات آزمايشگاهي در بيماران مبتلا به CC باشند.

Background and Aim Cervical Cancer (CC) is the third most common malignancy in the women, the main cause of which is human papillomavirus (HPV). Both E6 and E7 oncogenes of the virus play an important role in its tumorigenesis. Today, methods available for screening CC are not capable of detecting the disease at an early stage. Therefore, it is important to identify new biomarkers for early detection of this cancer. For this purpose, in the present study, miRNAs targeting the two oncogenes E6 and E7 of human papillomavirus (types 16 and 18) were studied in CC by bioinformatics. Methods & Materials First, using the NCBI database, the E6 and E7 gene sequences were obtained for both human papillomavirus types 16 and 18. Then, using the miRBase and RNA22 bioinformatics databases, the most appropriate targeting miRNAs for these genes were selected. Ethical Considerations This study was approved by Ethics Committee of Arak University of Medical Sciences. Results Based on the P obtained from bioinformatics databases, miRNA including miR-92a-5p (P=7.51e-2), miR-195-3p (P=2.24e-1), miR-34a-5p (P=2.73e-1) and miR-155-5p (P=4.95e-2) were introduced for the two genes E6 and E7. Conclusion Results from bioinformatics studies revealed that of the four miRNAs identified, miR-155-5p and miR-92a-5p are probably the targeting miRNAs specific for the E6 and E7 genes, respectively. Therefore, it seems that these miRNAs can be a suitable candidate for in vitro studies in CC patients.