تعيين اطلاع‌دهندگي ماركر D7S2456 در تشخيص مولكولي ناشنوايي غيرسندرمي اتوزومي مغلوب در پنج قوميت ايراني

Informativeness of D7S2456 marker for molecular diagnosis of autosomal recessive non syndromic hearing loss in five Iranian ethnic groups

زمينه و هدف : جهش‌هاي ژن SLC26A4 پس از ژن GJB2 مهم‌ترين عامل ژنتيكي ايجاد كننده ناشنوايي غيرسندرمي با وراثت اتوزومي مغلوب هستند كه امروزه در تشخيص‌هاي مولكولي مورد بررسي قرار مي‌گيرند. در پايگاه داده‌ها تعداد زيادي از ماركرهاي STR مرتبط با اين ناحيه معرفي شده است. اين مطالعه به منظور تعيين خصوصيات و اطلاع‌دهندگي ماركر D7S2456 با توالي‌هاي تكراري CA كه در ناحيه 3 ژن SLC26A4 است؛ در پنج قوميت از جمعيت ايراني انجام شد. روش بررسي : در اين مطالعه توصيفي آزمايشگاهي تعيين ژنوتيپ جايگاه ژني ماركر D7S2456 در 165 فرد شنواي غيرخويشاوند از پنج قوم فارس، آذري، تركمن، گيلك و عرب توسط واكنش زنجيره‌اي پليمرازي (PCR) و سپس ژل الكتروفورز پلي‌اكريل‌آميد (PAGE) و در نهايت الكتروفورز فلورسنت موئينه صورت گرفت. در اين مطالعه از نرم‌افزارهايGeneMarker HID Human STR Identity، GenePop و Microsatellite Tools استفاده شد. يافته‌ها : بررسي آلل‌هاي ماركر D7S2456 بيانگر حضور 9 آلل در جمعيت ايراني بود و آلل 5 با فراواني 55درصد در جمعيت ايراني فراوان‌ترين آلل تعيين شد. بالاترين هتروزيگوسيتي مشاهده شده متعلق به قوم آذري به ميزان 81.8% بود. بررسي تعادل هاردي-واينبرگ (HWE) نشان داد كه كليه اقوام جمعيت ايراني به غير از قوم فارس براي ماركر D7S2456 در تعادل هستند. بررسي مقدار PIC (Polymorphism Information Content) ماركر مابين 0.44 و 0.7 حاكي از اطلاع‌دهندگي متوسط (Moderately Informative) آن در اقوام مورد بررسي جمعيت ايراني بود. نتيجه‌گيري : ماركر D7S2456 اطلاع دهنده متوسط در تشخيص‌هاي مولكولي ناشنوايي غيرسندرمي وابسته به SLC26A4 با توارث اتوزومي مغلوب به روش آناليز پيوستگي در جمعيت ايراني است.

Background and Objective: SLC26A4 gene mutations after GJB2 mutations are the second currently identifiable genetic cause of autosomal recessive non syndromic hearing loss (ARNSHL) which currently is used in molecular diagnosis of ARNSHL. Several potential STR markers related to this region have been reported .This study was carried out to identity the informativeness of D7S2456 CA repeat STR marker in SLC26A4 gene region in five ethnic groups of the Iranian population. Methods: In this descriptive study, The locus was genotyped in 165 unrelated healthy individuals of five different ethnics including Fars, Azari, Turkmen, Gilaki and Arabs ethnic groups using polymerase chain reaction (PCR) followed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and fluorescent capillary electrophoresis. Data was analyzed by Gene Marker HID Human STR Identity software, Gene Pop program and Microsatellite Tools software. Results: Analysis of the allelic frequency revealed the presence of 9 alleles for D7S2456 marker in the Iranian population, which allele 5 at the D7S2456 locus with 55% frequency was the most frequent. The most frequent heterozygosity with rate of 81.8% belongs to Azari ethnic group. Analysis of deviations from Hardy-Weinberg equilibrium demonstrated that all the ethnics except Fars were in equilibrium for D7S2456 locus. D7S2456 marker is a moderately informative marker in Iranian ethnic population (PIC value within 0.44 and 0.7). Conclusion: D7S2456 is a moderately informative marker in diagnosis of SLC26A4 based autosomal recessive non syndromic hearing loss in Iranian population by linkage analysis.