واكاوي پروفايل بيان ريز RNA در غدد پستاني گاو به منظور شناسايي مسيرهاي زيستي دخيل در توليد شير

هدف علم اصلاح نژاد بهبود ژنتيكي صفات توليدي است كه تأثير شگرفي بر سودآوري واحدهاي دامپروري دارند. يكي از اين صفات توليد شير است كه شير علاوه بر اينكه غذاي كاملي است منبع تأمين پروتئين و كلسيم در تغذيه انسان به شمار مي‌رود. يك راهكار مناسب برا ي بهبود اين صفت شناسايي ريزRNAهايي است كه بر توليد و تركيب شير تأثيرگذار هستند. ريزRNAها قطعات تك ‌رشته‌اي و كوتاه RNA با طولي حدود ٢٢ نوكلئوتيد هستند كه در تمام سلول‌ها و مايعات بدن مثل خون و شير حضور دارند. در اين مطالعه براي بررسي چگونگي اثر ريزRNA بر فرآيند توليد شير داده‌هاي پروفايل بيان ريزRNA مربوط به بافت پستاني گاو از پايگاه داده ArrayExpress استخراج گرديد. با نرم‌افزار GEO2R آناليز بيان داده‌ها انجام شد. سپس با استفاده از نرم‌افزار miRwalk و targetscan ژن‌هاي هدف ريزRNAها شناسايي شدند. بعد از شناسايي ژن‌هاي هدف از نرم‌افزار DAVID جهت انجام واكاوي هستي‌شناسي و شناسايي مسيرهاي متابوليكي مرتبط با ژن‌هاي هدف استفاده شد. در نهايت رسم شبكه ژن‌هاي هدف و واكاوي شبكه ژني با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape انجام شد. در اين مطالعه 18 ريزRNA داراي fold change بالاتر از 2 بوده و 5 ريز RNA داراي fold change كمتر از 2 شناسايي شد كه كنترل‌كننده بيان 936 ژن هدف مي‌باشند. مهم‌ترين مسيرهاي شناخته شده موثر بر فرآيند توليد شير كه ژن‌هاي شناسايي شده فوق در تنظيم فعاليت آن‌ها دخالت دارند عبارتند از مسيرهاي سيگنالينگ: TGFB، WNT، MAPK، mTOR، PI3kAkt، انسولين و پرولاكتين. نتايج اين بررسي مي‌تواند اطلاعات تكميلي براي درك ارتباط ژن‌هاي مؤثر و عملكردهاي بيولوژيكي آن‌ها در فرآيند توليد شير را فراهم آورد.