پديد آورندگان :
برادر، علي دانشگاه ولي عصر رفسنجان - دانشكده كشاورزي - گروه گياهپزشكي، ايران , حسيني، احمد دانشگاه ولي عصر رفسنجان - دانشكده كشاورزي - گروه گياهپزشكي، ايران , حسيني، ثمين دانشگاه ولي عصر رفسنجان - دانشكده كشاورزي - گروه گياهپزشكي، ايران , عبداني بابكي، سميه دانشگاه ولي عصر رفسنجان - دانشكده كشاورزي - گروه گياهپزشكي، ايران
كليدواژه :
تحليل فيلوژنتيكي , آرايه‌بندي , BYMV , HC-Pro
چكيده فارسي :
مقدمه: ويروس موزاييك زرد لوبيا (Bean yellow mosaic virus)به جنس Potyvirus و خانوادۀ otyviridae تعلق دارد و داراي پراكندگي جهاني گسترده و دامنۀ ميزباني وسيع است. در پژوهش حاضر، روابط فيلوژنتيكي 8 جدايۀ اين ويروس كه در سال‌هاي زراعي 96 و 97 از مناطق جغرافيايي مختلف ايران (آذربايجان شرقي، اردبيل، قزوين، زنجان، همدان، خوزستان، فارس و كرمان) از روي باقلا جدا شده بودند، در مقايسه با ساير جدايههاي موجود در بانك ژن بررسي شدند.
مواد و روشها: برگ‌هاي گياهان داراي نشانه‌هاي ويروسي از مزارع باقلاي نواحي مختلف ايران نمونه برداري و به آزمايشگاه منتقل شدند. به‌منظور تشخيص نمونه‌هاي آلوده به ويروس موزاييك زرد لوبيا، ابتدا از آزمون داس اليزا و آنتي‌بادي اختصاصي ويروس استفاده شد؛ سپس RNA كل نمونه‌هاي آلوده استخراج و ناحيۀ HC-Proجدايههاي انتخابي تكثير و توالي‌يابي شد. ارزيابي توالي، بررسي روابط فيلوژنتيكي، بررسي ساختار پروتئيني و همچنين شناسايي وقوع نوتركيبي در ناحيۀ HC جدايههاي BYMV انتخابي با نرم‌افزارهاي مختلف انجام شد.
نتايج: در درخت فيلوژنتيكي رسم‌شده، جدايههاي ايراني در دو گروه مونوفيلتيك مجزا قرار گرفتند؛ به‌طوري‌كه پنج جدايۀ آذربايجان شرقي، قزوين، زنجان، فارس و كرمان در كنار دو جدايه از استراليا و ژاپن كه همگي از روي باقلا جدا شده بودند، در يك گروه جاي گرفتند و جدايههاي اردبيل، همدان و خوزستان به همراه دو جدايۀ ديگر ايراني موجود در بانك ژن، دو جدايه از هند و دو جدايه از ژاپن در گروه ديگر قرار گرفتند. بر اساس نتايج آزمون نوتركيبي، هيچ‌كدام از جدايههاي ايراني جمع‌آوري‌شده در پژوهش حاضر، جدايۀ نوتركيب تشخيص داده نشدند.
بحث و نتيجهگيري: درك تغييرات ژنتيكي و نوتركيبي جمعيت ويروسي پيش‌نياز مهمي براي تشخيص كارآمد، مديريت مؤثر و كنترل بيماري در درازمدت است. قطعاً نتايج در توسعۀ راهكار‌هايي كاربرد دارند كه به مقاومت در برابر BYMV منتج مي‌شوند و چنانچه اين بيماري در آينده همه‌گير شود، مي‌توانند در راستاي اتخاذ راهبردهاي مديريتي اثربخش باشند.
چكيده لاتين :
Introduction: Bean Yellow Mosaic Virus (BYMV) belonging to Potyvirus genus and Potyviridae family has a worldwide distribution and a broad host range. In the present study, the phylogenetic relationships of eight virus isolates isolated from different geographical regions of Iran (East Azerbaijan, Ardabil, Ghazvin, Zanjan, Hamadan, Khuzestan, Fars, and Kerman) during the 2017 and 2018 growing seasons were compared with other isolates that were available in the GenBank.
Materials and methods: Plants leaves with viral symptoms were sampled from faba bean fields of different geographical regions of Iran and were transferred to the laboratory. Then, to detect the virus-infected samples, first, DAS-ELISA test was performed using specific antisera. Then, the total RNA of the infected samples was extracted and HC-pro region of selected isolates was amplified and sequenced. Sequence evaluation, phylogenetic relationships, protein structure analysis, and the recombination detection of HC-pro region of the selected isolates were performed using various software.
Results: The selected Iranian isolates were placed in two separate monophyletic groups in the reconstructed phylogenetic tree. Five isolates collected from East Azerbaijan, Ghazvin, Zanjan, Fars, and Kerman and two Australian and Japanese isolates, all isolated from faba bean, were clustered in a monophyletic group. The isolates collected from Ardabil, Hamadan, and Khuzestan, with two other Iranian isolates available in the GenBank, two Indian isolates, and two Japanese isolates were clustered in another group. According to the recombination detection analysis, none of the selected Iranian isolates has been detected as a recombinant isolate.
Discussion and conclusion: Understanding the genetic and recombinant changes of the viral population is an important prerequisite for the efficient diagnosis, effective management, and long-term disease control. The results are helpful in developing strategies that lead to BYMV resistance and may be effective in the future if the disease becomes widespread in line with adopting management strategies.
