بررسي خصوصيات آنزيم پراكسيداز و تهيه نانوذره پروتئيني از آن با روش محاسباتي و آزمايشگاهي

ساختارهاي نانوپروتئيني مي توانند توسط توانايي ذاتي خودتجمعي مولكول ها تشكيل شوند كه اين توانايي مي تواند به وسيله حدواسط ها اصلاح گردد. در ميان عوامل خودتجمعي ذاتي پروتئين ها، هيدروفوبيسيته مهمترين عامل است. مولكول هايحدواسطي مانند گلوتارآلدئيد مي تواند باعث تجمع پروتئيني و تشكيل نانوذره گردند. در اين پژوهش از نرم افزار Aggrescan 3D  براي بررسي پروتئين هايي كه خاصيت خودتجمعي دارند استفاده شد و به اين ترتيب آنزيم پراكسيداز با توانايي خودتجمعي انتخاب گرديد و با استفاده از گلوتارآلدهيد اين آنزيم به نانوآنزيم تبديل شد. آناليزهاي FESM و DLS نشان دادند كه اندازه متوسط نانوآنزيم 500 نانومتر مي باشد فعاليت نانوآنزيم نسبت به فعاليتآنزيم مونومر در دماي بهينه 20 درجه سلسيوس و pH بهينه 7 كاهش يافته است. با استفاده از همولوژي مدلينگ ساختار PDB دو آنزيم پراكسيداز به دست آمد و با داكينگ، اتصال گلوتارآلدهيد به اين دو بررسي شد. با استفاده از نرم افزار LigPlot مشاهده شد آمينو اسيدها با پيوند هيدروژني به گلوتارآلدهيد متصل شده اند و براي بررسي كاهش فعاليت نانو آنزيم، اتصالات جايگاه فعال  با سرور COACH بررسي گرديد و   مشاهده شد كه گلوتارآلدهيد به آمينو اسيدهاي  جايگاه فعال نانو آنزيم متصل شده است. شبيه سازي ديناميك مولكولي نشان داد كه آنزيم مونومر و نانو آنزيم در دماي 30 درجه سيلسيوس و زمان 5 نانوثانيه پايدار هستند.