آناليز بيان ژن ماهيچه اسكلتي به منظور شناسايي ژن‌هاي مؤثر در فرايند رشد گاو گوشتي

هدف از انجام اين پژوهش شناسايي ژن هاي موثر در فرايند رشد و نمو گاو گوشتي با استفاده از پروفايل بيان ژن مي باشد. رشد به عنوان تغييرات وزن زنده در هر واحد زمان يا توصيف نموداري وزن در مقابل سن حيوان بيان مي شود. رشد حيوان نتيجه فرآيندهاي زيستي متعددي است و ژنوتيپ، تعيين كننده حداكثر سطحي است كه اين فرآيندها ميتوانند رخ دهند. در اين مطالعه داده هاي خام مربوط به سنين تولد، سه ماهگي، هفت ماهگي، ۱۲ ماهگي، ۲۰ ماهگي، ۲۵ ماهگي و ۳۰ ماهگي با فرمت TXT از پايگاه داده ArrayExpress با شماره دسترسي E-GEOD-۲۵۵۵۴ دانلود شدند. در مرحله بعد، ابتدا كنترل كيفيت داده هاي خام موجود با استفاده از بسته Limma، موجود در نرم افزار R با روش تحليل مولفه هاي اساسي (PCA) و سپس نرمال سازي داخل ريزآرايه ها با استفاده از روش LOESS و بين نمونه ها به روش چندك انجام شد. معيارهاي شناسايي ژن هاي با بيان افتراقي و معني داري دو شاخص (۲- Fold Change ۲) و (Adj P-Value ۰.۰۵) بودند. بررسي مسيرهاي زيستي توسط پايگاه DAVID انجام شده و بازسازي شبكه تنظيم بيان ژن توسط نرم افزار Cytoscape صورت گرفت. نتايج آناليز نشان داد در سنين متفاوت در مجموع ۱۰۳۰ ژن مرتبط با رشد تفاوت معني داري داشتند كه از اين تعداد ۵۱۸ ژن افزايش بيان و ۵۱۲ ژن كاهش بيان داشتند. از جمله مسيرهاي سيگنال دهي موثر بر فرايند رشد مي توان Wnt، Insulin، IGF-I را نام برد و از مهم ترين ژن هاي شناسايي شده در اين مطالعه FN۱ ،SOD۲ ،PCK۱ ،HMOX۱ ، SERPINE۱ ، CST۳، STAT۳ و HSPA۱A مي باشند. ژن FN۱ در سنين ۲۵-۲۰ و ۳۰-۲۵ ماهگي،SOD۲ در سن ۳-۰ ماهگي، HMOX۱ در سنين ۳-۰ و ۲۰-۱۲ ماهگي، SERPINE۱ در سن ۷-۳ ماهگي، PCK۱ در سن ۲۵-۲۰ ماهگي، STAT۳ در سن ۲۵-۲۰ ماهگي و HSPA۱A در سن ۳۰-۲۵ ماهگي افزايش بيان معني داري داشتند. بنابراين نتايج اين مطالعه مي تواند اطلاعات تكميلي براي درك بهتر ارتباط ژن ها و مسيرهاي زيستي آن ها در فرايند رشد و استفاده در برنامه هاي اصلاح نژاد دام فراهم آورد.