شناسايي و جداسازي بيماري پوسيدگي نرم سيب زميني با روش‌هاي مورفولوژيكي، بيوشيميايي و مولكولي از دامنه اصفهان

Identification and Separation of Potato soft rot with Morphological, Biochemical and Molecular Methods from Isfahan Province

بيماري پوسيدگي نرم سيب‌زميني يكي از بيماري­هاي مهم روي سيب‌زميني مي ­باشد. به اين منظور طي نمونه‌برداري‌هاي انجام شده از 15 غده پوسيده داراي علائم لهيدگي، يك نوع باكتري گرم منفي داراي كلني سبز متاليك بر روي محيط كشت EMB به دست آمد كه بر اساس آزمون­هاي مورفولوژيكي، بيوشيميايي و فعاليت پكتوليتيكي متعلق به جنس Pectobacterium تشخيص داده شد. تمامي اين باكتري­ها توانايي هضم نشاسته را نداشته، نسبت به اريترومايسين حساس نبودند؛ فسفاتاز منفي و توانايي رشد در ◦C37 را داشتند. آنها قادر به استفاده از قند­هاي زايلوز، تري­هالوز، آلفا متيل- D گلوكوزيد و مالونات نبوده و از قندهاي اينوزيتول، رامنوز و آرابيتول استفاده مي­ كردند. با توجه به اين خصوصيات اين باكتري به ‌عنوان .carotovorum subsp. carotovorum P شناسايي شد. تمامي جدايه­ هاي اين باكتري در آزمون PCR با جفت آغازگر G1/L1الگوي دو باندي مشابه با P. carotovorum subsp. carotovorum و متفاوت از P. carotovoum subsp. atrosepticum وDickeya chrysanthemiايجاد نمودند كه تحت تأثير آنزيم برشي RsaI به قطعاتي حدود bp355، bp280 و bp180 تقسيم شدند. نتايج به دست آمده از روش‌هاي مورفولوژيكي، بيوشيميايي و مولكولي يكسان بودن جدايه ­هاي باكتريايي به دست آمده از غده ­هاي سيب‌زميني منطقه دامنه و تعلق آنها بهP. carotovorum subsp. caratovorum را مورد تأييد قرار داد.

Potato soft rot is a common and important disease on potatoes. Fifteen pectolytic bacteria with green metallic colonies on EMB medium were isolated from the tubers showing surface cracking and soft rot symptoms, simultaneously. All the isolates grew at 37 ˚C, no starch digestion, they were not sensitive to erythromycin and negative for phosphatase. They could not use sugars of Xylose, Trehalose, α-methyl D-glycoside and Malonate, while they were able to use Inositol, Rhamnose and Arabitol sugars. Based on These characteristics the isolates recognized as P. carotovorum subsp. carotovorum. The isolates were further identified by PCR amplification with primer G1/L1 which produces two bands similar to those produced in P. carotovorum subsp. carotovorum, but not from P. carotovorum subsp. atrosepticum and Dickeya chrysanthemi. Digestion of the amplified PCR product with restriction enzyme Rsa I resulted in identical 385 bp, 280bp and 180 bp bands formation as described for P. carotovorum subsp. carotovorum. The results of physiological, pathogenicity, biochemical and molecular tests, confirmed that all bacterial isolates induced soft rot symptoms in potato tubers are P. carotovorum subsp. carotovorum.