خوشه‌بندي مبتني بر گراف با استفاده از آزمون ويلكاكسون جهت استخراج ارتباطات بيولوژيكي سلول‌ها و بافت‌ها

شناسايي خوشه‌‌بندي مبتني بر گراف يك روش كاربردي براي تشخيص ارتباط بين گره‌ها در شبكه‌هاي پيچيده بوده كه نظرات قابل‌توجهي را به خود جلب كرده است. ازآنجايي‌كه تشخيص جوامع مختلف در داده‌هايي با مقياس بزرگ يك كار چالش‌برانگيز است، با درك ارتباط رفتار عناصر در جامعه(خوشه)، مي‌توان ويژگي كلي خوشه‌ها را پيش‌بيني كرد. روش‌هاي خوشه‌بندي مبتني بر گراف به دليل توانايي آن‌ها براي نشان دادن ارتباط بين داده‌ها، نقش مهمي را در خوشه‌بندي داده‌هاي بيان ژن ايفا كرده‌اند. براي اين‌كه بتوان ژن‌هاي مؤثر در بروز بيماري‌ها را تشخيص داد، بايد ارتباط بين سلول‌ها و يا بافت‌ها را به دست آورد. تعامل بين سلول‌ها و يا بافت‌هاي مختلف را مي‌تواند با بيان ژن‌هاي مختلف بين آن‌ها نشان داد. در اين پژوهش مسئله ارتباطات سلول به سلول و بافت به بافت به‌صورت يك گراف بيان‌شده و با تشخيص اجتماعات روابط استخراج مي‌شوند. براي شبيه‌سازي و محاسبه ميزان شباهت بين سلول‌ها و بافت‌ها از پايگاه داده فانتوم 5 استفاده مي‌شود. پس از پيش‌پردازش و نرمال‌سازي داده‌ها، براي تبديل اين داده‌ها به گراف، ميزان بيان ژن در سلول‌ها و بافت‌هاي مختلف بررسي‌شده و با در نظر گرفتن يك حد آستانه و آزمون ويلكاكسون، با استفاده از خوشه‌بندي ارتباطات بين آن‌ها شناسايي شدند.