پياده‌سازي و بهينه‌سازي مرحله حاشيه‌نويسي و تفسير داده‌هاي نسل نوين توالي‌يابي براي بيماري ناشنوايي غير‌سندرميك اتوزومي مغلوب

مقدمه: دقت و زمان لازم براي آناليز داده‌هاي نسل نوين توالي‌يابي (NGS) بسته به ابزارهاي استفاده شده براي هم‌ترازي، فراخواني واريانت، حاشيه‌نويسي، اولويت‌بندي و فيلترينگ واريانت‌ها، تسلط افراد به تحليل و تفسير داده‌ها و ظرفيت محاسباتي آزمايشگاه متفاوت بوده و بهينه‌سازي آن يك مسئله چالش برانگيز است.روش: يك نرم‌افزار كاربردي به منظور بهينه‌سازي مرحله‌ سوم آناليز داده‌هاي NGS طراحي و با زبان برنامه‌نويسي C# پياده‌سازي شد. در اين مطالعه روند حاشيه‌نويسي، فيلترينگ و تفسير داده‌هاي NGS براي بيماري ناشنوايي غيرسندرميك با وراثت اتوزومي مغلوب به طور اختصاصي بهينه شده است.نتايج: داده مربوط به بيماري كه داراي يك جهش بيماري‌زاي تأييد شده توسط آناليز ژنتيكي فاميلي بود و تعداد واريانت‌هاي اوليه در فايل حاصل از آناليز مراحل اوليه وي شامل 671829 واريانت مي‌شد توسط نرم‌افزار پياده‌سازي شده مورد تحليل قرار گرفت. بعد از انجام مرحله‌ اولويت بندي خودكار واريانت‌ها با استفاده از فايل BED، تعداد واريانت‌ها 508 شد. با توجه به شجره‌ي خانوادگي بيمار در مرحله بعدي آناليز واريانت‌هاي هوموزيگوت انتخاب شدند و به اين ترتيب تعداد واريانت‌ها به 187 رسيد. بعد از اعمال آستانه فراواني جمعيتي 0/6% در پايگاه‌هاي داده genomAD و ExAC تعداد واريانت‌هاي باقي‌مانده به ترتيب 110 و 3 واريانت شد. پاتوژن شناسايي شده نهايي با نتيجه‌ي توالي‌يابي سنگر كه به منظور بررسي هم‌تفكيكي واريانت مورد نظر در خانواده انجام شده بود، همخواني داشت. مدت زمان آناليز توسط نرم‌افزار طراحي شده بر روي يك كامپيوتر شخصي متوسط 15 دقيقه بود. نتيجه‌گيري: نرم‌افزار طراحي شده كاملاً گرافيكي و بدون نياز به كدنويسي است كه علاوه بر قابليت مقايسه و يكپارچه كردن فايل‌هاي ورودي، امكان ايجاد يك ديتابيس داخلي از فايل‌هاي آناليز شده، امكان اعمال محدوديت ناحيه آناليز و آستانه‌گذاري بر فيلدهاي مختلف پايگاه‌هاي داده‌ انتخابي توسط كاربر را دارد.