مقايسه پيش‌بيني ژن‌ هدف ميكروRNAهاي مرتبط با بيماري آلزايمر با ابزارهاي بيوانفورماتيكي آنلاين

مقدمه: پيش‌بيني ميكروRNAهاي مرتبط با ژن‌هاي هدف با استفاده از ابزارهاي بيوانفورماتيكي، موجب صرفه‌جويي در وقت و هزينه‌هاي بررسي آزمايشگاهي مي‌شود. در اين مطالعه، پيش‌بيني ژن‌هاي هدف ميكروRNAهاي مرتبط با بيماري آلزايمر توسط ابزارهاي بيوانفورماتيكي مختلف با داده‌هاي تجربي گزارش شده مقايسه شد.روش: 41 ميكروRNA كه بر اساس نتايج آزمايشگاهي گزارش شده در مقالات موجب تغيير در بيان 21 ژن اصلي دخيل در بيماري آلزايمر شده‌ بودند، انتخاب گرديد. سپس پيش‌بيني ژن هدف براي هر ميكروRNA به وسيله سه ابزار بيوانفورماتيكي شامل MirTarget، TargetScan و DianamicroT انجام شد و نتايج به دست آمده براي هر سه ابزار با توجه به ژن‌هاي هدف گزارش شده براي آن‌ها با يكديگر مقايسه گرديد.نتايج: در بررسي 41 ميكروRNA گزارش شده براي 21 ژن دخيل در بيماري آلزايمر، ابزار MirTarget در 66 درصد، TargetScan در 61 درصد و DianamicroT در 27 درصد از موارد اتصال ميكروRNAهاي مورد نظر را به ژن هدف، تأييد نمود؛ اما اتصال 22 درصد از ميكروRNAها به ژن‌هاي هدف، توسط هيچ‌كدام از ابزارها تأييد نشد.نتيجه گيري: ابزارهاي MirTarget و TargetScan نسبت به DianamicroT در پيش‌بيني ژن هدف ميكروRNAهاي دخيل در بيماري آلزايمر توانايي بالاتري دارند. با توجه به الگوريتم به كار گرفته شده در MirTarget، اين ابزار بيوانفورماتيكي در پيش‌بيني ژن‌هاي هدف ميكروRNAها نتايج عملكردي و واقعي‌تري را ارائه مي‌كند و به عنوان يك نرم‌افزار كاربردي در پيش‌بيني اهداف ميكروRNAها توصيه مي‌شود. همچنين مي‌توان نتيجه‌گيري نمود كه تغييرات بيان ژن گزارش شده با واسطه ميكروRNAها در بيماري آلزايمر، در مواردي نياز به بررسي بيشتر دارند.