شناسايي كل ريزماهواره‌ها در ژنوم شترهاي دو‌كوهانه ايراني با استفاده از داده‌هاي توالي‌يابي كل ژنوم

شترهاي دوكوهانه يكي از مقاومترين گونه‌هاي حيواني در برابر شرايط سخت محيطي به شمار مي‌روند كه تعداد آنها در ايران در محدوده خطر قرار گرفته است. شناخت هر چه بهتر و دقيق‌تر اين گونه، به خصوص در سطح مطالعات ژنومي، مي‌تواند از طريق طراحي برنامه‌هاي مديريت تنوع ژنتيكي، به حفظ اين گونه كمك كند. هدف از انجام اين مطالعه شناسايي ريزماهواره هاي ژنوم شترهاي دوكوهانه ايراني با استفاده از داده هاي توالي يابي كل ژنوم بود. در مطالعه حاضر از تعداد شش نفر شتر دوكوهانه متعلق به استان اردبيل خون گيري صورت گرفت. توالي يابي كامل ژنوم شترهاي دوكوهانه با استفاده از پلتفرم ايلومينا و به صورت دو انتها (Paired-end) با اندازه 100 جفت باز از هر طرف انجام شد. بعد از پالايش كيفي خوانش‌ها، گردآوري از نو آنها صورت گرفته و با استفاده از برنامه MISA به شناسايي تمام ريزماهواره هاي ژنوم‌هاي مورد مطالعه پرداخته شد. اندازه ژنوم‌هاي گردآوري شده براي شترهاي دو كوهانه مورد مطالعه، در محدوده Gb 1.90 براي نمونه يك تا Gb 1.97 براي نمونه سه قرار داشت. مقدار N50 مربوط به كانتيگ هاي ايجاد شده براي شترهاي دو كوهانه ايراني از kb 19.1 براي نمونه يك تا kb 51.7 براي نمونه پنج متغير بود. ريزماهواره هاي شناسايي شده در اندازه يك تا هشت نوكلئوتيد بودند. كل ريزماهواره هاي شناسايي شده براي نمونه هاي شترهاي دو كوهانه ايراني در محدوده 136028 براي نمونه دو تا 539555 براي نمونه سه قرار داشت. همچنين با شناسايي ريزماهواره‌هاي هفت گونه پستاندار ديگر در اين مطالعه، به مقايسه نتايج به دست آمده آنها با شتر دوكوهانه ايراني پرداخته شد.