معرفي DNAآپتامر كوتاه شده به عنوان پروب مولكولي جديد براي رديابي آفلاتوكسين B1 به كمك تكنيك هاي شبيه سازي محاسباتي

توالي هاي تك رشته DNA يا RNA كه تحت عنوان آپتامر شناخته مي شوند قادرند مولكول هدف را با اختصاصيتي در حد آنتي بادي هاي مونوكلونال رديابي نمايند. با اين وجود قرار گيري مايكوتوكسين ها در گروه مولكول هاي كوچك و تفاوت بالاي وزن مولكولي آنها با توالي هاي آپتامري تبديل به چالشي جدي در معرفي پروب هاي آپتامري براي آنها شده است. در بررسي حاضر با هدف دستيابي به توالي آپتامري جديد و كوتاه تر براي آفلاتوكسين B1 (AFB1)، ابتدا به كمك الگوريتم ژنتيك يك كتابخانه اليگونوكلئوتيدي اوليه(Lib1) براساس توالي آپتامري اختصاصي آفلاتوكسين B1 (bp 50 Apt1,) طراحي گرديد. قدرت اتصال توالي هاي آپتامري كتابخانه Lib1 به مولكول AFB1 با روش داكينگ مولكولي ارزيابي و بهترين توالي آپتامري با هدف ايجاد كتابخانه جديد(Lib2) و با استراتژي كوتاه كردن تغيير داده شد. غربال مجازي توالي هاي آپتامري كتابخانه Lib2 از نظرقدرت اتصال به مولكول AFB1 منجر به معرفي توالي آپتامري كوتاه شده C52T با طول bp 19 گرديد. پايداري و نوع تعاملات دركمپلكس آپتامري C52T و مولكول AFB1 با روش هاي شبيه سازي ديناميك مولكولي و MMPBSA مورد بررسي قرار گرفت. نتايج حاصل از تخمين ثابت اتصال براي توالي هاي آپتامري C52، C52T و Apt1 با روش رنگ سنجي مبتني بر نانوذرات تغيير نيافته طلا در مطابقت كامل با نتايج مطالعات درون رايانه اي بود. به نظر مي رسد كه تكنيك هاي محاسباتي از پتانسيل بسيار خوبي درمعرفي پروب هاي مولكولي و حساس جهت طراحي آپتاسنسورهاي اختصاصي مايكوتوكسين ها برخوردار باشند.