تجزيه و تحليل بيو انفورماتيكي برخي مناطق ژنومي در جمعيت گوسفندان بر پايه فرا تحليل

انتخاب براي افزايش فراواني موتاسيون هاي جديدي كه فقط در برخي از زير جمعيت ها سودمند هستند باعث باقي گذاشتن نشانه هايي در سطح ژنوم مي شود. اغلب اين مناطق با ژن ها و QTL هاي مرتبط با صفات مهم اقتصادي در ارتباط هستند. هدف اين مطالعه، شناسايي نشانه هاي انتخاب مرتبط با صفات عملكردي در تعدادي از گوسفندان جهان با استفاده از روش هاي نوين بود. براي اين منظور فايل هاي تعيين ژنوتيپ با استفاده از تراشه هاي ژنومي مربوطه به 1591 رأس گوسفند از نژاد هاي مختلف جهان شامل 52 نژاد از 20 كشور تمام قاره ها و 13 مطالعه انجام شده كه در پايگاه هاي مختلف داده هاي ژنومي (Dryad ،Frontiresin ،Zenodo ، Animal Genom،Hapmap) ذخيره شده بودند، استفاده شد. ابتدا جهت تعيين اختلاط جمعيتي بين نژاد هاي مختلف از مناطق با شرايط آب و هوايي متنوع آناليز ساختار جمعيتي يا همان لايه بندي جمعيتي انجام گرفت. براي شناسايي نشانه هاي انتخاب از آزمون هاي Fst، hapflk، iHs،Rsb ، XpEHH و در نهايت فرا تحليل روش هاي فوق استفاده شد. جمعيت با آناليز PCA در سه گروه جدا از يكديگر شامل AIT: نژادهاي آسيايي، تركيه اي و آفريقايي، AUNZ: نژاد هاي استراليايي و نيوزيلند و EU: نژاد هاي اروپايي قرار گرفتند. براساس آزمون فرا تحليل 10 منطقه ژنگاني روي كروموزوم هاي 22، 20، 12، 9، 7، 6، 5، 4، 3، 2 شناسايي شدند. به طوري كه ژن MC1R با رنگ پوست، ژن DSG2 با كيفيت و كميت پشم و ژن AICDA با توليد ايمونوگلوبولين مرتبط هستند. تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكي نشان داد كه برخي از اين مناطق ژنگاني به طور مستقيم و غيرمستقيم با ژن هاي مؤثر بر سازگاري با شرايط محيطي(ADAMTS9)، توليدمثلي (GNAQ)، تنظيم ملانوسيت ها (KITLG)، توليد ايمونوگلوبولين (BATF، TNFSF13، AICDA، MZB1)، تمايز سلولي (TNFSF13، TGFB1)، فرآيند ايمني (AGBL5، ATG7، PRDX1، CCL26، IL17RC، TNFSF12، TGFB2، PTGS1)، پاسخ سلولي به تحريكات بيروني (PRKAA1، NFKB1، MAP3K2)، توليد اينترفرون آلفا (DDX58)، فرآيند پاسخ دفاعي (CCL24، FAM13B، LDLR، CLDN7)، هموستاز سلولي (BAMBI، DVL2)، تنظيم پروتئين كيناز فعال شده با ميتوژن (PLCE1) و تنظيم پاسخ به استرس (FXR2، HSPH1) همپوشاني دارند. تجزيه و تحليل تطبيقي فرا تحليل نشانه هاي انتخاب بر اساس پايگاه داده هاي بيو انفورماتيكي مي تواند مناطق ژنومي مورد انتخاب براي صفات با اهميت اقتصادي و بيولوژيكي در گوسفند را شناسايي كند.