واكاوي ترانسكريپتوم بافت پستاني جهت شناسايي ژن هاي عمده اثر در فرآيند توليد شير

توليد شير يكي از مهم ترين صفات اقتصادي در صنعت پرورش گاو شيري است كه توسط تعداد زيادي ژن كنترل مي شود و تابعي از فعاليت سلول هاي اپيتليال مي باشد كه تحت تأثير چندين مسير بيولوژيكي و اثر متقابل ژن هاي مختلف و بيان ژن ها مي باشند. بيان ژن فرايندي است كه در آن از اطلاعات درون ژن استفاده مي شود تا يك محصول كاربردي از آن به دست آيد، همچنين يكي از مسائل بنيادي است كه كمك مي كند تا ژنوتيپ به صورت فنوتيپ ظاهر شود. هدف از اين مطالعه شناسايي ژن هاي مؤثر بر توليد شير و رسم شبكه ژني ژن هاي مورد مطالعه جهت شناسايي ژن هاي عمده اثر براي فهم بهتر مكانيسم توليد شير با استفاده از بررسي الگوي بيان ژن طي بررسي هاي بيوانفورماتيكي مي باشد. در اين مطالعه به منظور شناسايي ژن ها با بيان متفاوت در بافت پستان گاو شيري، داده هاي بيان ژن مربوط به بافت پستاني با شماره دسترسي GSE33680 از بخش GEO بانك اطلاعاتي NCBI استخراج گرديد. بررسي كيفيت داده ها با استفاده از بسته Limma موجود در نرم افزار R و با استفاده از روش تحليل مؤلفه هاي اساسي انجام شد. به منظور بررسي عملكرد ژن ها با بيان متفاوت از نرم افزار DAVID استفاده شد. پس از شناسايي ژن هاي هدف به پايگاه داده اي STRING ارائه شدند، جهت تبين نقش ژن ها از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. در اين مطالعه نتايج تجزيه تفاوت بيان ژن ها منجر به شناسايي 14020 ژن شد كه بر اساس آماره Fold change و adj p-Value تعداد 409 ژن افزايش بيان و 326 ژن كاهش بيان داشتند. از جمله مسيرهاي بيولوژيكي شناخته شده مؤثر بر توليد شير NF-KB signaling, Glycerolipid metabolism ،EGFR1, IL6, B cell receptor, مي باشند. مهم ترين ژن ها براساس درجه ارتباط با ژن هاي ديگر و مركزيت دروني و بيروني ژن هاي MYC، KRAS، HSPA8،ATP5B ، SRC، JAK1 و FOXA2مي باشند كه نقش آن ها در تنظيم توليد شير در گزاراشات متعددي به اثبات رسيده است.