بهينه سازي جمعيت مرجع در پويش ژنومي و ارزيابي ژنوميك

بهينه‌سازي جمعيت مرجع در ارزيابي‌هاي ژنوميك به دليل تأثير آن بر صحت برآورد اثرات نشانگرها و ارزشهاي ارثي ژنوميك نقش كليدي در اصلاح حيوانات اهلي دارد. در مطالعه حاضر هفت روش متفاوت انتخاب جمعيت مرجع شامل انتخاب همه، انتخاب بيشترين و كمترين عملكردها، انتخاب تصادفي، انتخاب افراد با بيشترين و كمترين شباهت نشانگر و ژنگاه مورد ارزيابي قرار گرفت. در مطالعات پويش ژنومي روش انتخاب همه به عنوان جمعبت مرجع، نشانگرهاي با فراواني متوسط و بالا با اثر بزرگ بر روي صفت را تعيين نمود، اما استفاده از روش بيشترين و كمترين عملكردها، نشانگرهاي با فراواني نادر با اثر بزرگ بر روي صفت را گزارش نمود. استفاده هم‌زمان از تراكم بالاي نشانگري و مرجع انتخابي در مقايسه با تراكم پايين و مرجع كامل، موجب كاهش صحت ارزيابي‌ها گرديد، ولي رتبه‌بندي حيوانات را تغيير نداد. بين روش‌هاي انتخاب جمعيت مرجع با نسل (P≤0.0134) و همچنين با عدم تعادل لينكاژ (P≤ 2e16) اثر متقابل وجود داشت. به طور كلي انتخاب همه حيوانات به عنوان جمعيت مرجع منتج به صحت‌هاي بالاتري در مقايسه با شش روش مرجع انتخابي گرديد. بين روش‌هاي انتخاب، در جمعيت‌هاي با اندازه مؤثر كم (r^2 =0.255 ، 100=Ne) اختلافي وجود نداشت ، اما در جمعيت‌هاي با اندازه مؤثر زياد (r^2=0.086 ،400=Ne) روش‌هاي انتخاب جمعيت مرجع با صحت‌هاي متفاوتي ارزش‌هاي اصلاحي ژنومي را پيش‌‌بيني كردند. بيشترين و كمترين صحت پيش‌بيني ارزش اصلاحي ژنومي به ترتيب متعلق به روش‌هاي انتخاب دام‌ها بر اساس حداكثر شباهت ژنگاه و نشانگري بود(0.0231≥P )