بررسي مهارپذيري متابوليت هاي ثانويه گياهي در مقايسه با داروهاي شيميايي بر روي پروتئاز اصلي Mpro و Spike گليكوپروتئين ويروس SARS-CoV-2 ( nCov-19 ) به روش داكينگ مولكولي

Investigate the inhibitory effects of plant secondary metabolites Compared with standard drugs on Mpro protease and spike glycoprotein SARS-CoV-2 by Molecular Docking

عفونت ناشي از ويروس SARS-COV-2 يكي از عوامل اصلي مرگ و مير در قرن 21 است. پژوهش هاي زيادي با هدف معرفي تركيبات موثر ضد ويروس SARS-COV-2 بويژه تركيبات گياهي در حال انجام است. هدف از پژوهش حاضر، غربالگري بيوانفورماتيكي مهار كننده هاي پروتئاز اصلي (Mpro ) و پروتئين S ويروس از ميان تركيبات فنولي و ترپنوئيدي گياهي مي باشد. ساختار سه بعدي و شيميايي پروتئين هاي ويروس و تركيبات فنولي و ترپنوئيدي گياهي از پايگاه داده هاي پروتئين و Pubchem دريافت شد. در نهايت تركيبات گياهي بر روي پروتئاز اصلي (Mpro ) و پروتئين S ويروس به روش داكينگ مولكولي با استفاده از نرم افزار iGemdock 2.1 بررسي سپس خصوصيات فيزيكوشيميايي تركيبات از نظر نفوذپذيري، حلاليت و جذب گوارشي با استفاده از نرم افزار Swiss ADME پيش بيني شد. 4 تركيب ترپنوئيدي گليسريزيك اسيد ( glycyrrhizic acid)، سيكوساپونين B2 ( Saikosaponin B2 )، پوليفيلين I ( Polyphyllin I ) و ويتافرين A ( Withaferin A ) و 7 تركيب فنولي EGCG ، رزماريك اسيد ( Rosmarinic acid ) ، سيليبينين ( Silibinin ) ، كلروژنيك اسيد ( Chlorogenic acid ) ، پروآنتوسيانيدين ( Proanthocyanidin ) ، پروسيانيدين B2 ( Procyanidin B2 ) و آنتوسيانين ( Anthocyanin ) با داشتن انرژي اتصال قوي در مقايسه با تركيبات دارويي مرجع مانند آزيترومايسين ( Azithramycine ) و رمديسيوير ( Remdesivir) و غيره ، كانديدهاي فيتوشيميايي بسيار مناسبي براي مهار گليكوپروتئين S و پروتئاز اصلي ويروس (Mpro ) مي باشند. طبق نتايج هر دو تركيب فنولي و ترپنوئيدي در مقايسه با داروهاي شيميايي ، قدرت مهار مناسبي براي پروتئاز Mpro و پروتئين S ويروس دارند و مي توانند نامزدهاي مناسبي جهت بررسي هاي in vitro و in vivo باشند.

The Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection is one of the common factors of mortality worldwide in the 21st century. A lot of research is being done in the world with the aim of introducing new and effective SARS-COV-2 antiviral compounds, especially herbal compounds. The purpose of this study to screening main protease (Mpro) inhibitors and spike glycoprotein from among plant phenolic and terpenoid compounds using bioinformatics tools.Three dimension and chemical structures of virus proteins and plant phenolic and terpenoid compounds were retrieval from Protein Data Bank and Pubchem database respectively. Finally, plant compounds on the main protease (Mpro) and virus S virus, molecular docking was investigated using iGemdock 2.1 software and then,In the next step, physicochemical properties of the candidate plant compounds for permeability, solubility and gastrointestinal absorption were predicted using SwissADME software.4 terpenoid compounds, glycyrrhizic acid, Saikosaponin B2, Polyphyllin I and Withaferin A and 7 phenolic compounds, EGCG ، Rosmarinic acid ، Silibinin ، Chlorogenic acid ، Proanthocyanidin ، Procyanidin B2 , Anthocyanin with Strong binding energy compared to reference medicinal compounds such as Azithramycine and Remdesivir are good candidate for inhibiting spike Glycoprotein and the main protease of the virus (Mpro).According to results both phenolic and terpenoid compounds compared to standard chemical drugs had good inhibitory effects for Mpro proteinase and Spike glycoprotein virus and can be good candidates for in vitro and in vivo studies.