طراحي پلي توپ واكسن عليه ويبريو كلرا: رويكردي وارونه براي طراحي واكسن

Bioinformatics design of a vaccine against Vibrio cholerae using the reverse approach

طراحي واكسن درگذشته تا به امروز براساس روش هاي كلاسيك صورت ميگيرد كه زمان بر، هزينه بر و داراي ملاحظاتي هستند، اما با كشف ژنوم و تعيين توالي ژن، روش هاي مدرني براي طراحي واكسن ابداع شده كه از جمله آن مي توان به روش طراحي واكسن به روش معكوس اشاره كرد. در اين پژوهش از سرور NCBI (ORF Finder) به منظور يافتن توالي هاي Coding و براي مكان يابي پروتيين از سرور PSORTb استفاده شده و بررسي آلرژنيك بودن پروتيين از سرور Algpred و به منظور پيش بيني اپي توپ خطي و فضايي از سرورهاي LBtope - ABCpred - IEDB CBTOPE - Disco Tope 2.0 - IEDB (Ellipro) اپي توپ نهايي انتخاب شده و سپس تجزيه و تحليل سازه پلي توپي را توسط سرور ExPasy (ProtParam) بررسي كرديم و در نهايت با سرور JCat توالي نوكليوتيدي بهينه شده را بدست آورديم. با استفاده از اين روش 6074 چارچوب خوانش و همچنين 43 پروتيين سطحي و ترشحي شناسايي گرديده كه در نهايت، 10 اپي توپ مناسب به عنوان كانديداي واكسن قادر به ايجاد ايمني در برابر طيف وسيعي از سويه ها مي باشند، اميد است كه راه پيشرفت توليد اين واكسن را بسيار آسان كنند.

Vaccine design from the past to the present is based on classical methods, which are time consuming, costly and have some risks, but with the discovery of the genome and gene sequencing, the modern methods for vaccine design have been developed, including Referred to the reverse method of vaccine design (vaccine polytop). In this study we used NCBI (ORF Finder) to find the coding sequences, PSORTb server to locate the protein, Algpred server to check the allergenicity of the protein and LBtope - ABCpred - IEDB CBTOPE servers - Disco Tope 2.0 - IEDB (Ellipro) to predict the linear and spatial epitopes. The final epitope was selected and then we analyzed the polypepe structure by ExPasy server (ProtParam) and finally obtained the optimized nucleotide sequence with JCat server. Using this method, 6074 reading frameworks as well as 43 surface and secretory proteins were identified, from which, finally, 10 suitable epitopes that are able to provide immunity against a wide range of strains were selected as a vaccine candidate. It is hoped that this will facilitate the development of this vaccine.