برازش شبكه برهمكنش عوامل رونويسي مؤثر بر نرخ تخمك گذاري و ژن هاي شناسايي شده با استفاده از تحليل پروموتردر گاو

اهميّت صفات توليدمثلي، با توجّه به اثر مستقيم بر سودآوري واحدهاي پرورشي، روز به روز بيشتر مي‌گردد. يكي از اين صفات، نرخ تخمك‌گذاري است. در اين پژوهش، با استفاده از تحليل ناحيه آغازگر ژن‌هاي كانديد مرتبط با نرخ تخمك‌گذاري، به شناسايي ژن‌هاي كانديد جديد و بررسي سازوكارهاي مولكولي مرتبط با اين صفت پرداخته شد. براي اين منظور، ابتدا ژن‌هاي كانديد مرتبط با نرخ تخمك‌گذاري از پايگاه اطّلاعاتي NCBI استخراج گرديدند. سپس به‌كمك نرم‌افزار Genomatix، عوامل رونويسي كه بر ناحيه آغازگر جايگاه اتّصال داشتند، مورد كاوش قرار گرفتند. ناحيه آغازگر تمامي ژن‌ها در رابطه با عوامل رونويسي به‌دست آمده از مرحله قبل، مورد بررسي قرار گرفت و آن دسته از ژن‌هايي كه براي عوامل رونويسي جايگاه اتّصال داشتند، به‌عنوان ژن‌هاي كانديد احتمالي در رابطه با نرخ تخمك‌گذاري گزارش گرديدند. به‌منظور بررسي مهمترين عوامل رونويسي و مؤثّرترين ژن‌هاي هدف آن‌ها، از بازسازي شبكه برهمكنش پروتئيني با استفاده از پايگاه اطّلاعاتي STRING استفاده گرديد. مسيرهاي زيستي مؤثّر بر نرخ تخمك‌گذاري نيز با استفاده از پايگاه اطّلاعاتي comparative GO مورد ارزيابي قرار گرفت. نتايج نشان داد عوامل رونويسي مؤثّر بر بيان ژن‌هاي شناسايي شده بر نرخ تخمك‌گذاري مي‌تواند بيان 51 ژن ديگر را سبب گردد. برازش شبكه برهمكنش عوامل رونويسي و ژنهاي هدف آن‌ها نشان داد عوامل رونويسي E2F1 و TFDP1 از مهمترين عوامل رونويسي مؤثّر بر بيان ژن‌هاي كنترل كننده تخمك‌گذاري مي‌باشند و دو ژن CAV1 و RANBP1 نيز به‌عنوان مهمترين ژن‌هاي هدف عوامل رونويسي مطرح گرديدند. اين ژن‌ها در تمايز سلولي، تنظيم چرخه‌ي سلولي و تنظيم رونويسي در تخمك نقش دارند. بر اساس نتايج اين پژوهش، مهمترين سازوكارهاي مولكولي مرتبط با نرخ تخمك‌گذاري مسيرهاي سيگنالدهي JAKSTAT و تيروزين كيناز بودند. مسير زيستي مرتبط با تخمك‌گذاري نيز عامل رشد بتا، مهاجرت سلولي مشخص شد. علاوه بر اين مسيرهاي زيستي مرتبط با JNK از جنبه‌هاي مختلف، تخمك‌گذاري را تحت تأثير قرار مي‌دهند.