بررسي فيلوژنيك ويروس طاعون نشخوار كنندگان كوچك شناسايي شده در دام هاي مبتلا در خراسان رضوي بر اساس دو ژن F و N

Phylogenetic analysis of Peste des petits ruminants virus (PPRV) according to Gene (F) and (N) in affected animals in Khorasan Razavi

بيماري طاعون نشخوار كنندگان كوچك يك بيماري ويروسي بسيار واگيردار، كشنده و وخيم در نشخوار كننده كوچك مي باشد. عامل بيماري، ويروس طاعون نشخوار كننده كوچك بوده(Peste des petits ruminants virus) كه در جنس موربيلي ويروس قرار دارد. مطالعه حاضر جهت تعيين هويت ژنتيكي ويروس طاعون نشخوار كننده كوچك(PPRV) در حال گردش در استان خراسان رضوي انجام شد. اخيرا گزارشات متعددي از حضور بيماري در خراسان رضوي موجود است. در مطالعه پيش رو تعداد 100 نمونه (خون، طحال و غدد لمفاوي) از دام هاي داراي علائم باليني و تلف شده تهيه گرديد. كليه نمونه ها از نظر حضور ژن هاي نوكلئوكپسيد (N) و فيوژن (F)و با روش RT-PCR مورد ارزيابي قرار گرفته و همه ي نمونه هاي مورد آزمون مثبت گزارش شدند. تعداد هفت نمونه از موارد مثبت به طور تصادفي انتخاب شده و جهت تعيين توالي ژن هاي N و F ارسال گرديد. به طور كلي براساس آناليز فيلوژنتيكي توالي ژن هاي N و F، ويروس طاعون نشخوار كننده كوچك به چهار دودمان تقسيم مي شود. پس از تعيين هويت و آناليز سكانس ژن هاي F و N و مقايسه آن با ساير سويه هاي موجود در بانك ژني، براي هر ژن به طور مجزا درخت فيلو ژنتيكي رسم گرديد. با اينكه هر يك از درخت هاي رسم شده براي ژن N و يا F داراي دو خوشه مجزا و زير خوشه هاي متفاوت بودند اما كليه سويه هاي مورد آزمون در دودمان چهار قرار گرفتند.

Peste des Petits Ruminants (PPR) is a highly contagious, fatal, and severe viral disease of small ruminants. The causative agent is a morbillivirus, Peste des petitsruminants virus (PPRV). This study was performed to detect and identify recently circulating PPR virus in small ruminants in the Khorasan Razavi region in Iran. A total of 100 samples(blood, spleen and lymph node) were collected from affected and dead animals. All of the samples were positive with Reverse Transcriptase PCR for viral genome. 7 positive samples by RT-PCR were selected randomly for sequencing of the nucleoprotein (N) gene and fusion gene (F), and genetically characterized phylogenetic analysis of PPR virus strains. Four lineages of PPR virus have been identified based on sequence analysis of the nucleoprotein (N) and fusion (F) gene all around the world. In this study Phylogenetic trees were drawn up based on sequence of the N gene and gene. Both trees have two distinct clusters, and all the detected strains are in the 4th lineage and are located in the first cluster of each tree.