بررسي بيوانفورماتيكي پپتيدهاي ضدباكتري در پنج گونه پروكاريوت و يوكاريوت و بررسي اثر ضدباكتري نايسين بر باكتري‌هاي گرم مثبت و گرم منفي

مقدمه: امروزه، كاربرد گستردۀ پپتيدهاي ضدميكروبي به‌شكل نگهدارندۀ طبيعي به‌علت عوارض نگهدارنده‌هاي مصنوعي (ايجاد سرطان‌ها و آسيب به كبد در داروها و غذاها) مدنظر قرار گرفته است. مواد و روش‏‏ها: در پژوهش حاضر، پنج پپتيد ضدباكتريايي شامل نايسين A از Lactococcus lactis، مليتين ازApis mellifera، كوپسين ازCoprinopsis cinerea، ترپن از Erythrolobus australicus و تيونين از Arabidopsis thaliana با تحليل‌هاي بيوانفورماتيكي مطالعه شدند. نتايج: نتايج نشان دادند پپتيدهاي بررسي‌شده در يوكاريوت‌ها و پروكاريوت مطالعه‌شده داراي هدف‌گيري سيتوپلاسمي هستند و در موجودات مختلف محافظت‌شده نيستند. پپتيدهاي بررسي‌شده ازنظر تعداد مارپيچ‌هاي آلفا و صفحه‌هاي بتا تنوع داشتند. نتايج درخت فيلوژنتيكي با Mega5 نشان دادند به‌غير‌از Apis mellifera، چهار گونۀ ديگر در يك خوشه قرار مي‌گيرند. دومين‌ها در پنج گونۀ بررسي‌شده متفاوت بودند، اما همگي داراي ويژگي‌هاي ضدباكتري بودند. پپتيدهاي مطالعه‌شده دامنۀ متنوعي از ويژگي‌هاي فيزيكوشيميايي را نشان دادند. الگوي جانشيني، مدل جايگزيني و D Tajima توالي پپتيدهاي مطالعه‌شده نشان داد Apis mellifera در طول تكامل از ساير گونه‌ها جدا شده است. مدل‌سازي سه‌بعدي پپتيدهاي بررسي‌شده به روش همولوژي مدلينگ و با استفاده از پايگاه دادۀ Swiss Model نشان داد ساختار سه‌بعدي ترپن و تيونين كيفيت زيادي دارد. مراجعه به سايت‌هاي peptidecutter و allermatch نشان داد پپتيدهاي نايسين A، مليتين، كوپسين، ترپن و تيونين حساسيت‌زا نيستند. به‌منظور تعيين حداقل غلظت كشندگي و حداقل غلظت بازدارندگي از روش ديسك بلانك و روش چاهك‌گذاري استفاده شد. نتايج بازدارندگي با پپتيد نايسين استخراج‌شده از باكتري لاكتوكوكوس لاكتيس نشان دادند بيشترين هالۀ بازدارندگي در استافيلوكوكوس اورئوس و اشريشيا كلي به روش چاهك‌گذاري و ديسك بلانك به‌ترتيب 19 و 23 ميلي‌متر و 5 و 1 ميلي‌متر است. بحث و نتيجه‏گيري: نتايج نشان دادند نايسين مي‌تواند به‌شكل نگهدارندۀ طبيعي براي تأخير در فاسدشدن مواد غذايي در برابر باكتري‌‌هاي گرم مثبت استفاده شود.