ارتباط چند شكلي تك نوكلئوتيدي ناحيه اينترون (C2239T) ژن بتا4-ديفنسين با صفات توليد شير و تعداد سلول هاي بدني در گاوهاي هلشتاين

Association between Single Nucleotide Ppolymorphism (SNP) in the Intronic Region of (C2239T) B4-Defensin Gene with Milk Production Traits and Somatic Cell Count in Holstein Cattle

مقدمه و هدف ديفنسين ها پپتيدهاي ضد ميكروبي كوچكي هستند كه نقش مهمي در ايمني ذاتي به عهده دارند. از اين رو، ژن هاي كدكننده آنها مي توانند به عنوان نشانگر، در انتخاب به كمك نشانگرها، به بهبود صفت اقتصادي دام هاي اهلي كمك بسزايي كنند. از اين رو، هدف از اين تحقيق بررسي ارتباط بين چند شكلي تك نوكليوتيدي جايگاه 2239 ناحيه اينترون ژن بتا4-ديفنسين با صفات توليد شير و تعداد سلول هاي بدني در گاوهاي هلشتاين بود. مواد و روش ها براي اين منظور، در مجموع تعداد 182 راس گاو شيري هلشتاين انتخاب و DNA ژنومي استخراج شد. سپس، با استفاده از آغازگرهاي مناسب قطعه اي به طول 393 جفت باز، در برگيرنده جهش جايگاه مورد نظر (از جايگاه 2100 الي2493 ژن بتا-4 ديفنسين به شماره دسترسي AF008307.1)، توسط تكنيك واكنش زنجيره پلي مراز تكثير شد. سپس محصولات تكثير شده از اين ناحيه از اينترون ژن بتا4-ديفنسين توسط تكنيك تفاوت فرم فضايي رشته هاي منفرد (SSCPs) و متعاقبا، تعيين توالي مورد بررسي قرار گرفت. براي بررسي ارتباط بين چند شكلي تك نوكليوتيدي با صفات توليد شير و تعداد سلول هاي بدني از رويه مدل خطي عمومي (GLM) نرم افزار SAS (نسخه 9/1) استفاده شد. يافته ها نتايج اين پژوهش حضور سه الگوي متفاوت SSCP در جمعيت مورد بررسي را نشان داد كه نتايج تعيين توالي وجود چندشكلي تك نوكليوتيدي جايگاه 2239 (جايگزيني C با T) در اين ناحيه را تاييد كرد. فراواني ژنوتيپ هاي CC، CT و TT شناسايي شده بر اساس توالي هاي بدست آمده در جمعيت مورد مطالعه به ترتيب 0/79، 0/13 و 0/08 بود. ارتباط معني داري بين ژنوتيپ جهش جايگاه 2239 ژن بتا 4-ديفنسين و صفات توليد شير، درصد چربي، درصد پروتيين و تعداد سلول هاي بدني در نمونه هاي مورد بررسي مشاهده نشد. اگرچه، تمايل نزديك به معني داري بين ژنوتيپ ها و مقدار توليد شير مشاهده شد (0/1=p). ميانگين توليد شير و تعداد سلول هاي بدني براي ژنوتيپ TT نسبت به ژنوتيپ هاي ديگر بيشتر بود در صورتي كه ژنوتيپ هاي CT و CC به ترتيب كمترين توليد شير و تعداد سلول هاي سوماتيكي را نشان دادند. نتيجه گيري در اين پژوهش، ارتباط معني داري بين ژنوتيپ هاي شناسايي شده با صفات توليدي شير و تعداد سلول هاي بدني مشاهده نشد ولي اين ارتباط براي صفت مقدار توليد شير روزانه تمايل به معني داري نشان داد. همچنين نتايج نشان داد ژنوتيپ هاي TT و CT براي اين جهش به ترتيب داراي بيشترين و كمترين مقدار توليد شير بودند.

Introduction and Objective: Defensins are small antimicrobial peptides that play an important role in innate immunity. Therefore, their coding genes can be used as markers in selecting markers to help improve the economic quality of domestic animals. Therefore, the aim of this study was to investigate the relationship between C2239T SNP of the intron region of the beta- 4-defensin gene with milk production traits and the somatic cell count in Holstein cows. Material and Methods: For this purpose, genomic DNA was extracted from 182 dairy cows. Then, using a suitable primer pairs, a 393 bp fragment from intron of bovine B4-defensin sequence (2100 to 2493) was amplified by the polymerase chain reaction. Then, the amplified fragment was screened by single strand conformation polymorphism (SSCP) and DNA sequencing methods. The associations between genotypes of the SNP with SCC and milk production traits were analyzed using the GLM procedure of SAS (9.1). Results: A total of 3 distinct SSCP patterns (A, B and C) were observed which confirmed single nucleotide polymorphism (substitution of C to T) at position 2239 upon sequence analysis in the population. The frequencies of CC, CT and TT genotypes were 0.79, 0.13 and 0.08, respectively. No significant difference was observed between SNP genotypes and milk production traits and SCC. However, the genotypes were tended to associate with milk yield (p=0.10). The highest average milk yield and somatic cell count were found in the TT genotype, whereas the lowest ones for average milk yield and somatic cell count were CT a CC genotypes, respectively. Conclusion: In this study, no significant relationship was observed between the identified genotypes with milk production traits and the number of body cells, but this relationship showed a significant tendency for the amount of daily milk production. The results also showed that TT and CT genotypes for this mutation had the highest and lowest milk production, respectively.