عنوان مقاله :
شناسايي و تعيين خصوصيات مولكولي دو ژن tatD DNase از سويه بومي Bacillus sp. B2
عنوان به زبان ديگر :
Identification and molecular characterization of two tatD DNase genes from a native Bacillus sp. B2
پديد آورندگان :
خوشنويسان، امين دانشگاه آزاد اسلامي واحد دامغان - دانشكده علوم پايه، دامغان، ايران , فرخ، پريسا دانشگاه دامغان - دانشكده زيست شناسي - گروه سلولي و مولكولي، دامغان، ايران
كليدواژه :
اپران tat , باسيلوس , دئوكسي ريبونوكلئاز , ژن 16S rRNA
چكيده فارسي :
نوكلئازها پيوندهاي فسفودي‌استر را در اسيدهاي نوكلئيك مي‌شكنند. TatD DNase پروتئين تكاملي حفاظت شده‌اي است كه در موجودات مختلف بيان ميشود، اما عملكردش به‌طور كامل شناخته نشده است. هدف اين پژوهش، شناسايي ژن‌هاي tatD در جدايه Bacillus sp. B2 بود كه قبلا از خاك شهرستان دامغان جداسازي شده است. شناسايي مولكولي اين جدايه با تكثير و توالي‌يابي 16S rRNA انجام شد. دو جفت پرايمر چندحالتي براي ژن‌هايtatD طراحي شدند و تواليهاي تكثير شده با BLAST بررسي شد. تواليهاي اسيد‌آمينه‌اي ژن‌هاي tatD، با توالي شناخته شده TatD در E. coli هم‌رديف شدند. ساختار دوم پروتئين‌هاي TatD و دُمين حفاظت شده در آن‌ها به‌ترتيب با ابزارهاي PSIpred و CD-search پيش‌بيني شدند. توالي 16S rRNA در Bacillus sp. B2، 100% با تواليهاي B. cereus، B. thuringiensis و B. anthracis همساني نشان داد. به‌علاوه، ژن‌هاي tatD1 و tatD2 تكثير شده، بيش از 90% با تواليهاي tatD DNase در گونه‌هاي باسيلوس همساني داشتند. هم‌رديفي تواليهاي TatD با توالي TatD Dnase از E. coli نشان داد كه باقي‌مانده‌هاي متصلشونده به يون فلزي و جايگاه فعال در آن‌ها حفاظت شده است. ساختارهاي دوم تواليهاي TatD1 و TatD2 مشابه با توالي TatD Dnase در E. coli بودند و CD-Search نشان داد كه هر دو پروتئين TatD به ابرخانواده هيدرولازهاي وابسته به يون فلزي تعلق دارند. بر اساس اين نتايج، جدايه Bacillus sp. B2 دو ژن متفاوت tatD داشت. به‌نظر مي‌رسد كه tatD در ژنوم تعدادي از گونه‌هاي باسيلوسي مضاعف شده و تكامل يافته است. شناسايي و تعيين خصوصيات TatD از موجودات مختلف براي درك نقش آن به‌عنوان يك پروتئين تكاملي حفاظت شده، ارزشمند است.
