مرکز منطقه ای اطلاع رساني علوم و فناوري - استفاده از الگوريتم CTAnalyzer به منظور شناسايي توالي‌هاي كانديد pri-microRNA در ژنوم Azadirachta indica

چكيده فارسي :

ساختارهايي كه مولكولهاي microRNA بالغ از آنها حاصل ميشوند (pri-microRNA و pre-microRNA) داراي ويژگيهاي به‌خصوصي هستند كه آنها را از مولكول‌هاي مشابه، متمايز ساخته و براي آنزيم‌ها و پروسسورها قابل شناسايي مي‌نمايد. اين خصوصيات عمدتاً متاثر از ويژگي‌هاي ساختار ثانويه مولكول RNA است. به‌همين دليل، تا به امروز الگوريتمهاي متعددي به‌منظور پيش‌بيني ساختار ثانويه براي توالي‌هاي پلينوكلئوتيد طراحي شده است. نرم‌افزار CTAnalyzer الگوريتمي است كه با هدف رقوميسازي ويژگيهاي ساختارهاي ثانويه مولكول RNA طراحي شده و طبقه‌بندي اين ساختارها را با محوريت ويژگيهاي مهم در شناسايي مولكولهاي microRNA انجام مي‌دهد. در تحقيق حاضر، نرم‌افزار CTAnalyzer با تعريف فيلترها و ضوابط مناسب، براي بررسي و طبقه‌بندي ساختارهاي ثانويه استخراج شده از توالي ژنوم گياه Azadirachta indica مورد استفاده قرار گرفت و هدف از اين پژوهش، بررسي كارامدي اين نرم‌افزار در شناسايي جزئيات ساختاري RNA دو رشتهاي و دستهبندي تواليها برمبناي ويژگيهاي ساختارهاي ثانويه آنها بود. براي اين منظور همرديفي بين ژنومA. indica و تمام تواليهاي miR گياهي به‌وسيله الگوريتم BLASTn انجام گرفت و تعداد 80217 ناحيه در سراسر ژنومA. indica با هومولوژي قابل قبول شناسايي شدند. پس از گسترش طولي نواحي شناسايي شده در هم‌رديفي و حذف توالي‌هايي كه در نواحي كدكننده ژنوم قرار داشتند، براي 38067 توالي باقي‌مانده پيش‌بيني ساختار ثانويه انجام گرفت. مقادير مورد توافق براي ضوابط مربوط به ساختارهاي ثانويه microRNA در فيلتر نرم‌افزار CTAnalyzer تعريف شد و اين نرم‌افزار موفق به شناسايي و معرفي توالي‌هاي كانديد microRNA شد. بر اساس نتايج نرم‌افزار CTAnalyzer از كل 566754 ساختار ثانويه مورد بررسي براي شناسايي microRNA‌هاي ژنوم A. indica، تعداد 482 ساختار ثانويه (08/0 درصد) با دارا بودن تمام ويژگي‌هاي مورد تاييد براي microRNA‌ها شناسايي شدند.