تشخيص ويروس‌ها و ويروئيدهاي گياهي به كمك فناوري توالي يابي با توان بالا

Detection of plant pathogenic viruses and viroids using high throughput sequencing technology

ويروس‌هاي گياهي باعث بسياري از بيماري‌هاي مهم مي‌شوند و مسئول كاهش عملكرد و كيفيت محصول در سراسر جهان هستند. شناسايي سريع و دقيق ويروس‌ها در يك نمونه براي سرويس‌هاي بازرسي، قرنطينه و مديريت بيماري مطلوب است. به‌تازگي، تكنيك‌هاي تعيين توالي نسل بعد (NGS) كه نمايانگر يك رويكرد انعطاف‌پذير در رديابي پاتوژن گياهي است، توسعه يافته است. از سال 2009، تكنيك‌هاي NGS در برخي نواحي ويروس شناسي گياهي متشكل از توالي‌يابي ژنوم ويروس يا ويروئيد، رديابي و شناسايي، اكولوژي و اپيدميولوژي آغاز به‌كار كرده است. تكنيك‌هاي NGS سريع، بسيار كارآمد و كم هزينه هستند و امكان توالي‌يابي چندين گيگابايت داده را در چند ساعت فراهم مي‌سازند. در واقع، يك رويكرد عمومي براي شناسايي ويروس يا ويروئيد است كه نيازي به شناخت قبلي از ميزبان يا ويروس ندارد. تنها با تعيين توالي كل آر.ان.اي‌هاي كوچك در يك اجراي NGS، شناسايي ويروس‌هاي داراي دي.ان.اي يا آر.ان.اي و ويروئيدها امكان‌پذير مي‌شود. در اين مقاله، به پيشرفت‌هاي اخير در به‌كارگيري تكنيك‌هاي NGS براي تشخيص ويروس‌ها و ويروئيدها در ميزبانان آن‌ها پرداخته شده است.