مقايسه تنوع ژنتيكي ناحيه 3′UTR جدايه‌هاي ويروس سوختگي سياه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus) خراسان با جدايه‌هاي ايران و ساير نقاط دنيا

Comparison of genetic variation of 3′UTR region of Beet black scorch virus in Khorasan isolates with the other isolates from Iran and the world

ويروس سوختگي سياه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus, BBSV) ازجمله ويروس‌هاي خاك‌برد چغندرقند است. در اين تحقيق، 80 نمونه چغندرقند از مزارع خراسان رضوي و شمالي جمع‌آوري شد. پس از استخراج RNAي كل آن‌ها، ناحيه 3'UTR ژنوم ويروس به تعداد 315 نوكلئوتيد با استفاده از واكنش زنجيره‌اي پليمراز با رونويسي معكوس و بهره‌گيري از آغازگرهاي اختصاصي رفت و برگشتي تكثير شد. اين ناحيه در شش جدايه مختلف پس از همسانه سازي، توالي‌يابي و در NCBI ثبت شدند. نتايج بررسي خويشاوندي اين جدايه‌ها (بر اساس (3'UTR با كل جدايه‌هاي ثبت‌شده در بانك جهاني نشان داد كه آن‌ها در دو گروه عمده I و II قرار مي‌گيرند به‌طوري‌كه هر يك به دو زيرگروه تقسيم مي‌شوند. شش جدايه اين بررسي با 23 جدايه از نقاط مختلف ايران در زيرگروه IA و چهار جدايه ديگر از خراسان در زيرگروه IB جاي گرفتند. سه جدايه از كرمانشاه و يك جدايه از همدان (Ir-KSh5,Ir-KSh4 Ir-KSh6 و Ir-Ha2) در زيرگروه IIA قرار گرفتند. چهار جدايه از كرمانشاه Ir-KSh9,Ir-KSh8,Ir-KSh7) و Ir-KSh10) به همراه جدايه‌هاي چيني، اروپايي و آمريكايي زيرگروه IIB را تشكيل دادند. نتايج مقايسه نوكلئوتيدي توالي شش جدايه نشان داد كه اگرچه تغيير نوكلئوتيدي مهم در موقعيت 3477 (يوريدين بجاي گوانين) صورت نگرفته است، اما در موقعيت 3398 آدنين جايگزين گوانين و در موقعيت 3393 فقط در جدايه فريمان (MW274750) يوريدين بجاي سيتوزين جايگزين شده است. نتايج مقايسه ميانگين شباهت نوكلئوتيدي ناحيه 3'UTR اين جدايه‌ها نشان داد كه با جدايه‌هاي ايراني (به غير از جدايه-هاي كرمانشاه با 92/52 درصد) در دامنه بين 98/75-97/37 درصد مشابهت دارند.

Beet black scorch virus is one of the soil-borne sugar beet viruses in Iran. In this research work, we collected 80 samples of sugar beet farms in Razavi and Northern Khorasan Provinces. After extraction of their total RNA, the 3'UTR region of the virus genome was amplified to 315 nucleotides using reverse transcription polymerase chain reaction using specific primers. The 3'UTR of six different isolates was sequenced following cloning and then submitted to NCBI. Phylogenetic analysis based on nucleotide sequences of the 3'UTR region showed that the entire world isolates could be classified into two main groups II and I and each one was divided into two subgroups. Isolates of this study were grouped with 23 isolates from Iran in subgroup IA and Four isolates from Khorasan province were placed in the IB subgroup. Four Iranian BBSV isolates from the West were grouped in the subgroup GIIA. All Chinese isolates and the European isolates together with the USA isolate clustered in subgroup GIIB. The results of nucleotide comparison of six isolates showed that although no mutation occurred at position 3477 (uridine instead of guanine), However, in position 3398, adenine replaced guanine (similar to 60% of Iranian isolates) and in position 3393, uridine was substituted for cytosine only in Fariman isolates (MW274750). The results of comparing the average nucleotide identity of 3'UTR isolates in this study showed that they are identical to Iranian isolates in the range from 97.75% to 97.98%. Nevertheless, they had the least identity with Kermanshah isolates (92.52%).