كشف و فراخواني چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي بر روي توالي ژن هاي متفاوت بيان شده بين دو جمعيت گاو هلشتاين (بوس تاروس) و كليستاني (بوس اينديكوس)

The Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) discovery and calling on genes differentially expressed between Holstein (Bos taurus) and Cholistani (Bos indicus) cattle populations.

در مطالعه‌ي حاضر چندشكلي‌هاي تك نوكلئوتيدي بر روي توالي ژن هاي متفاوت بيان شده بين دو جمعيت گاو هلشتاين و كليستاني بررسي شد. براي اين منظور ترانسكريپتوم (توالي كل mRNA) از پايگاه SRA استخراج و سپس از طريق همرديفي و مكان يابي خوانش هاي RNA-seq بروي ژنوم مرجع گاو ،آناليز بيان ژن افتراقي ميان دو جمعيت انجام شد. در نهايت از ميان 24616 ژن و 26716 ايزوفرم شناخته شده در گونه گاو، 41 ژن بين دو جمعيت مورد مطالعه بطور معني داري متفاوت بيان داشتند (0/000015 (p < . آناليز ماهيت شناسي ژن و مسيرهاي بيولوژيكي نشان داد اين ژن‌ها در 20 مسير درگير مي باشند. اكثر اين ژنها در مسيرهاي پاسخ ايمني، زنجيره انتقال الكترون، تحمل تنش حرارتي و مقاومت به بيماري درگير هستند. كشف و فراخواني چندشكلي-هاي تك نوكلئوتيدي بر روي توالي كل ترانسكريپتوم اين دو جمعيت به فهرستي شامل به‌ترتيب 53478 و 145443 مورد SNP بر روي ترانسكريپتوم آنها انجاميد. از اين ميان، تعداد 24 موردSNP در هلشتاين و 154 مورد دركليستاني بر روي توالي 23 ژن از مجموع 41 ژن متفاوت بيان شده قرار داشتند . 157 مورد SNP جديد و 21 مورد داراي شماره rs در پايگاه هاي اطلاعاتي بودند . احتمالا تفاوت بيان ژنهاي حامل SNP را مي توان به SNP هاي واقع بر توالي آنها نسبت داد. تعيين ماهيت اين SNPها و مشخص نمودن عامل يا غيرعامل بودن آنها، مطالعه بيان اختصاصي آللي و محاسبه پوشش ترانسكريپتومي هر يك از آنها به روشنتر شدن صحت و ساز و كار اين موضوع كمك خواهد نمود.

In the present study, the single-nucleotide polymorphisms and their transcriptome coverage on differential gene expressions were investigated between Holstein and Cholistani population. Thus, the transcriptomes (mRNA Sequence) for a US Holstein and a Pakistanian Colistani cow population were assembled by aligning and mapping the RNA-Seq reads on the bovine reference genome. The differential gene expression analysis was performed. Finally, 24616 genes and 26 716 isoforms on the transcriptome of these two populations were found among 41 genes that were showed significantly different expression. (P.value < 0,000015). Analysis of the gene ontology (GO) and routes indicated that they are involved in, 20 pathways A large number of genes in the pathways leading to immune response, leading to translate the electron transfer resistance to thermal stress and disease. A total of 53 478 and 145443 have SNP discovered in the genome of which 154 SNP in Cholistani population and 24 SNP in Holstein population were among 41 genes were significant In 18 genes, no SNP was observed. 23 genes had at least one SNP in each of the populations. The number of SNP in the Cholistani breed was almost 5 times expression higher than the Holstein breed. These genes also had a high expression in the Cholistani population breed. This can be one of the causes of differences in gene expression between two populations in this study.