طراحي in silico و تأييد in vitro براي siRNA هدف گيرنده ژن PTX3 در رده سلولي گليوما

سابقه و هدف: شناسايي مكانيسم‌هاي زمينه‌اي پاتوژنز گليوما از اهميت ويژه‌اي برخوردار است. بيان بيش از حدّ ژن PTX3 عميقاً در پاتوژنز گليوما نقش دارد. سركوب بيان ژن هدف بر پايه تداخل RNA (RNAi) ازطريق مولكول‌هاي RNA دورشته‌اي ازجمله siRNA مي‌تواند به‌عنوان يك ابزار درماني براي خاموشي انكوژن استفاده شود. هدف مطالعه حاضر، القاي آپوپتوز در رده سلولي گليوماي U87 با سركوب ژن PTX3 است. مواد و روش‌ها: انواع روش‌هاي in silico براي طراحي siRNA در برابر ژن PTX3 استفاده شد، سپس امتياز‌بندي طبق قوانين طراحي صورت گرفت. بهترين مولكول siRNA عليه ژن PTX3 انتخاب و همچنين siRNA درهم‌ريخته آن نيز طراحي و كارايي خاموش‌كردن PTX3 در سلول‌‌هاي U87 توسط Realtime PCR ارزيابي شد. همچنين ميزان مرگ سلول‌هاي ترنسفكت‌شده با گروه‌هاي كنترل توسط فلوسايتومتري مقايسه شد تا اثر كاهش بيان PTX3 بر آپوپتوز سلولي بررسي شود. نتايج: 53 مولكول PTX3siRNA طراحي‌شده از جهات گوناگون، بررسي و امتياز‌دهي و بهترين موارد جهت استفاده در تحقيقات سركوب بيان ژن PTX3 پيشنهاد شدند. تيمار 72 ساعته سلول‌هاي U87 با PTX3siRNA طراحي‌شده در غلظت 100 نانومولار قادر به كاهش بيان PTX3 به ميزان 69 درصد بود. نتايج فلوسايتومتري نيز نشانگر القاي آپوپتوز در 65 درصد سلول‌‌ها بود. نتيجه‌گيري: كارآيي siRNA طراحي‌شده با روش in vitro تأييد شد كه بر كاهش بيان ژن PTX3 و القاي آپوپتوز در سلول‌هاي گليوما U87 تأثير قابل‌ملاحظه‌اي داشت.