ارزيابي پتانسيل ژنتيكي اكوتيپ‌هاي مرغ بومي ايران به منظور حفظ ذخاير ژنتيكي

هدف: اقليم‌هاي آب و هوايي گوناگون ايران باعث بوجود آمدن تنوع ژنتيكي قابل توجهي در اكوتيپ‌هاي مرغ‌ بومي گرديده است. انتخاب مصنوعي براي پيشرفت ژنتيكي در صفات اقتصادي منجر به كاهش تنوع ژنتيكي در گونه هاي اهلي دام و طيور  مي‎گردد. از طرف ديگر با شناسايي پتانسيل ژنتيكي اكوتيپ‌هاي بومي و مديريت برنامه‌هاي بهنژادي مي‌توان همراه با حفظ تنوع ژنتيكي از افزايش بهره‎وري در جمعيت‌هاي مرغ بومي نيز سود جست. با اين حال تاكنون مطالعه‌ايي در سطح ژنوم براي شناسايي خصوصيات ژنتيكي مرغ بومي صورت نگرفته است.  هدف اين پژوهش شناسايي پتانسيل ژنتيكي اكوتيپ‌هاي مرغ بومي ايران براي هدف گذاري مناسب برنامه‌هاي بهنژادي و حفاظت ژنتيكي مي‌باشد. مواد و روش‌ها: در اين مطالعه داده‌هاي ژنومي 51 قطعه از اكوتيپ‌هاي مرغ بومي، 11 قطعه از لاين آرين و 10 قطعه از  نژاد لگهورن از بخش علوم دامي دانشگاه شهيد باهنر كرمان تهيه شد. نقشه گذاري با ژنوم رفرنس بوسيله برنامه BWA انجام شد. شناسايي واريانت تك نوكلئوتيدي  بوسيله نرم افزار GTAK انجام گرفت. بررسي روابط فيلوژنتيكي با استفاده از روش  اتصال مجاورين و نرم افزار مگا‌ (نسخه 7) انجام شد. محاسبه Fst و بررسي همخوني بين جمعيت‌ها با استفاده از برنامه‌هاي Admixture و VCFtools انجام گرفت. نتايج: درصد همرديفي با ژنوم مرجع براي تمامي نمونه‌هاي مورد بررسي بين 83 تا 95 درصد گزارش شد و تعداد 14.56 ميليون چند ريختي تك نوكلئوتيدي از ژنوم مرغ‌هاي بومي و تجاري گزارش شد. نتايج واكاوي درخت فيلوژني  نشان داد كه تقريبا  اكوتيپ‌‌هاي مورد مطالعه در گروه‌هاي جداگانه‌ايي قرار مي‌گيرند. بر اساس اين نتايج مي‌توان بيان داشت كه اكوتيپ‌هاي مرغ بومي شباهت ژنتيكي بيشتري به لاين آرين دارند و  نسبت به نژاد لگهورن داراي شباهت ژنتيكي كمتري مي‌باشند. يافته‌هاي به دست آمده از بررسي سطح هم‌خوني و آماره Fst نيز تاييد كننده نتايج آناليز فيلوژني بود. براي نمونه، بيشترين مقدار Fst  بين نژاد لگهورن و اكوتيپ مرندي به ميزان  0.219 تعيين شد.   نتيجه‌گيري: با توجه‌ به قرابت ژنتيكي بيشتر اكوتيپ‌هاي مرغ بومي با لاين‌آرين،‌ با هدف‌ گذاري برنامه‌هاي بهنژادي براي صفات توليد گوشت در جمعيت‌هاي مرغ بومي، مي‌توان پيشرفت ژنتيكي بيشتري را براي اين صفات انتظار داشت. با هدفمند شدن برنامه‌هاي بهنژادي مي‌‌توان از ذخاير ژنتيكي در جهت افزايش بهره‌وري همراه با حفظ تنوع ژنتيكي اكوتيپ‌ها سود جست.